做个铺垫上次写的表观遗传学第一弹“如何研究DNA甲基化”的推文，反馈不错，小编还是有点小欣喜的！今天，小编打算把上篇提到的DNA甲基化的BS技术单独提出来，跟大伙儿详细介绍一下基于该技术的数据分析流程及实现。读过上篇的童鞋们已经了解到，BS技术就是基于亚硫酸盐将胞嘧啶C转化成为胸腺嘧啶T并测序。 上篇推文入口 >>Lister等在2008年首次通过该技术研究拟南芥和人的全基因组甲...... 阅 读 全 部 >
作者：叶子转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序（HTS）或者说下一代测序（NGS）技术在过去十年中彻底改变了生物医学研究。这项技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学，表观基因组学和转录组学研究数据集。全基因组测序（WGS）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。基因组的深度测序对于临床研究的意义重...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
snakemake是什么？大多数生物信息初学者最早接触的生物信息分析流程，大多数是用脚本语言（Perl、shell、R、Python等）将生物信息流程中的各个功能写成一个个脚本，再用大脚本套小脚本的方式将整个流程打包封装。这种方式对编程能力有很高的要求，否则很容易出现流程bug、无法监控任务运行状态、无法有效查看任务日志等问题。等实验室终于出了个大牛将这些问题都解决了，可能大牛又要毕业了，新来的生... 阅 读 全 部 >
Samtools作为一款操作序列比对结果文件（SAM/BAM）的工具，能够灵活转换sam/bam，并且能基于参考序列和Sam/bam文件进行变异位点检测，并通过bcftools进行变异结果统计。本期将基于上期bwa软件的比对结果，利用samtools进行变异检测。一、软件安装下载地址http://www.htslib.org/download/，利用wget下载得到samtools-1.5.tar... 阅 读 全 部 >
一. 常规BSAQTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations（The Plant Journal）BSA（Bulk segregation analysis）进行数量性状基因定位的方法由来已久，但是..... 阅 读 全 部 >
前言2020年10月22日，中科院上海植物生理生态研究所/分子植物卓越中心巫永睿课题组于Nature Communications（IF：12.121）上在线发表玉米籽粒发育最新研究成果。通过对自然群体的极端表型混池测序分析（BSA测序）筛选到控制玉米硬（透明）/粉（不透明）质的主效数量性状位点Ven1（vitreous endosperm 1），Ven1编码 β-胡萝卜素羟化酶...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
上皮-间质转化(epithelial-to-mesenchymal transition,EMT)是肿瘤侵袭和转移的首要步骤。Zeb1EMT的关键转录因子之一,它与多种癌症的发生发展有关，但在胶质母细胞瘤（GBM ）中Zeb1具体调节哪些基因并不清楚。 最近葡萄牙IGC研究所的科学家们发现，Zeb1可以同时调控胶质母细胞瘤干细胞基因表达的激活和抑制，并非传统认为的EMT因子...阅读全文... 阅 读 全 部 >
ChIP测序报告中有许多结果图，都可以在文章中一展身手，比如我们今天讲解的GO富集分析图。 1. 蛋白结合（修饰）基因的GO富集分析GO即Gene Ontology，http://www.geneontology.org，是一个将全世界所有与基因有关的研究结果进行分类汇总的综合数据库，利用GO数据库，可以根据基因参与的BP(Biological...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
eak在TSS上下游的分布图是ChIP测序中非常关键的一张图。有这张图，我们就能知道目的蛋白（组蛋白或转录因子）在转录起始位点（TSS）及上下游附近的整体分布/结合情况。 图中横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度，它可以反映目的蛋白分布情况。input由于没有富集，其reads通常分布较低，而IP对目的蛋白及其结合序列的富集作用则会使reads覆盖深度提高，产生相应的...阅读... 阅 读 全 部 >
ChIP测序中关键的结果图，这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功，可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征，都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用，没关系，我们结合发表的文章，让它们一较高下。1. Peak在TSS上下游的分布图这张图实际包括两部分，上部整体展示了基因转录起始位点（TSS）及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布，可以看出结合峰...阅读全文&... 阅 读 全 部 >