1如何向PRIDE提交数据PRIDE可以直接提交蛋白质和多肽鉴定/定量数据以及随附的质谱证据和任何其他相关数据类型。PRIDE支持任何实验方法得到的蛋白质组学数据集的存储。当前，向PRIDE提交数据的方式是使用“PX Submission tool”（详细操作步骤与附于文末）。2注册成为PRIDE注册用户在提交到PRIDE数据库之前，用户需要确保它具有使用PRIDE资源的帐户。如果您还没有PRID... 阅 读 全 部 >
很多在华盈生物完成质谱检测服务后的客户，到了文章发表的阶段都会咨询如何上传原始数据到公共数据库这个问题。对于组学研究来说，文章发表时杂志社一般会要求将原始数据上传到公共数据库，并在正文中提供相应数据库编号供同行下载，以重新进行数据分析和核对。随着蛋白组学的发展，专门供质谱原始数据储存和分享的数据库也出现了，功能也日趋完善。今天，小编将为大家介绍一款目前应用体验度排名靠前的数据库——Prote...... 阅 读 全 部 >
在当今生物信息学飞速发展的时代，如何快速找到适合自己的分析工具、获取最新的技术资源，成为了每位研究者都关心的问题。今天要向大家介绍的是生物信息学领域的重要资源网站——Bioconductor(https://www.bioconductor.org/)。相信会安装R包的小伙伴一定听说过BiocManager包，之前我们也有提到过：。本次我们详细讲解一下提供BiocManager包的...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析基因序列的多物种比对与进化分析是研究物种间遗传关系和功能保守性等的关键步骤。今天，我们将以T2R41基因为例，手把手教大家如何下载基因序列、进行多序列比对，以及构建分子进化树。1. 搜索基因并下载序列首先，打开NCBI官网[1]，在搜索栏输入目标基因名称T2R41。输入名称进入搜索结果页面后，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在上一期文章中，我们介绍了如何在线高效完成蛋白序列比对，并获得了 .fasta 或 .fa 格式的比对结果文件。本期，我们将通过 ESPript 工具，将这些比对结果转换成清晰、美观的图，让研究成果轻松达到出版级别。什么是ESPript？ ESPript (Easy Sequencing in PostScript) 是一个专为学术研究者设计的在线工具，可以将序列比对结果可视化，并结合二级...阅... 阅 读 全 部 >
一文教你快速完成多物种蛋白序列比对及进化树构建！当我们研究一个蛋白时，探索其在不同物种间的保守性很关键。这不仅能帮助我们理解蛋白的功能和进化历史，还能为进一步实验设计提供线索，如保守性等。在本期文章中，我们将教你如何通过Uniprot网站，快速完成多物种蛋白序列比对和进化树构建。无需下载任何工具，全程在线完成，简单高效！步骤一：打开Uniprot并检索目标蛋白打开uniprot网站...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
上期我们一起下载并安装了VMware，您的电脑里已经有了虚拟机，现在我们一起来为虚拟机配置Linux环境。这里我们选择使用Ubuntu桌面版系统。ubuntu系统是一个以桌面应用为主的Linux操作系统，Ubuntu基于Debian发行版和GNOME桌面环境。Ubuntu的目标在于为一般用户提供一个最新的、同时又相当稳定的主要由自由软件构建而成的操作系统，它可免费使用，并带有社团及专业的...阅读... 阅 读 全 部 >
之前说过SNP检测的相关方法，关于SNP的相关的内容可以参考（SNP检测方法 ）。相比于检测方法，可能更关键的是如何确定要检测的SNP位点。那么如何选择跟自己研究相关的SNP位点呢？今天就简单聊一下几种选择SNP位点的方法：1.前期有相关的实验数据的情况前期实验数据包括：家系的全外显子测序数据、相关病例的测序数据等，可以根据前期的测序的数据进行分析(一般由测序公司来完成)。具有家系完整数据的可以根... 阅 读 全 部 >
单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤，这主要是因为SNP将提供一个强有力的工具，用于高危群体的发现、疾病相关基因的鉴定、药物的设计和测试以及生物学的基础研究等。经过近年检测技术... 阅 读 全 部 >
论文想被Scopus上高认可度的著名期刊收录但却无从下手？别担心，今天InVisor芳老师就来和大家聊聊如何才能在scopus期刊上发表论文，详细到连如何搜索+识别你所在研究领域里最好的 Scopus 索引期刊/出版物都会告诉大家。相信了解清楚这些步骤后，大家的论文发表之路会更顺畅。很多论文小白都不清楚Scopus是何物，别担心，芳老师这就为大家做个简单介绍。一、Scopus是什么？...阅读全文... 阅 读 全 部 >