来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #肿瘤单基因#昨天的讲座（详情见文末视频）Paper小师妹Rika已经为大家浅析了一下“数据驱动”和“假设驱动”类型文章的差异，今天咱们更进一步，仔细看看昨天提到的那篇 “药理+生信”的文章是如何将“数据驱动”的单细胞数据融入“假设驱动”的整体风格，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
细胞焦亡（pyroptosis）是一种由炎症小体引发的裂解性程序性细胞死亡形式[1]，该过程由促炎性半胱氨酸蛋白酶（Caspase）-1、4、5、11的底物gasdermin D介导并伴随炎症和免疫反应[2]。研究发现细胞焦亡可以影响肿瘤的增殖、侵袭和转移[3]。因此，有报道认为诱导肿瘤细胞焦亡是一种潜在的癌症治疗策略[4]。乳腺癌（breast cancer）是目前最常见的恶性肿瘤之一，是女性癌... 阅 读 全 部 >
楔子1最终目的 大家好，我是鑫仔。我们将用三期推文，讨论一个大家比较感兴趣问题：影像组学研究的最终目的是什么？构想一：我们希望构建分类器或者预测模型，能够帮助我们辅助诊断、评估疗效、预测预后； （这个时候我们建立的科学假设往往是影像组学特征可以反应xxx患者的结局信息）构想二：我们希望影像组学可以为我们提供一种易于获得、非侵入、低消费、3D的方式获得客观测量和评估的特征（定量），作为正常生物过程、... 阅 读 全 部 >
之前详细介绍过糖基化这一研究热点，详见： 【涨知识】生信新天地！发文神热点之糖基化修饰 我们再来回顾一下基于糖基化研究的生信文章示例。 生信发文案例解析文献案例一：多组学数据探究高级别浆液性卵巢的肿瘤分型特征及临床预后预测研究背景：肿瘤间的异质性是基因组、转录、翻译和翻译后分子特征的结果。为了探讨蛋白糖基化在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)异质性中的作用，作者基于自测数据和公共数据库数据对HGSC组... 阅 读 全 部 >
蛋白质糖基化是一种丰度高、结构类型特别复杂的蛋白质翻译后修饰类型，具有很强的宏观不均一性和微观不均一性。据估计，细胞表达的蛋白质有50%以上为糖蛋白。但目前为止，只有不到20%的蛋白质糖基化得到了实验证实。蛋白质的糖基化酶促反应是一个复杂且精密的过程。通过对蛋白质进行复杂而精确的糖基化修饰，细胞内可以产生丰富的蛋白质类型；通过对各类糖基化信号途径的精密调控，细胞中蛋白质的功能得到了极大的拓展...... 阅 读 全 部 >
之前的对rMATS软件做笔记的时候，提到过rmats2sashimiplot这款专门用来对rMATS分析结果做可视化的软件，最近尝试用了下，操作比较简洁，但是还是留了点问题没解决rmats2sashimiplot，网址：rmats2sashimiplot下载git clone https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplotorhtt...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2020年， 扬州大学和 百迈客生物公司联合开发了基于ONT平台的植物转录组测序新技术，对ONT、PacBio和Illumina转录组测序进行了详细比较和综合评估。此次给大家带来数据的超精细解读~ 摘要 在许多不同的研究领域中，使用Pacifc Biosciences（PacBio）和牛津纳米孔技术（ONT）进行第三代测序的研究数量正在迅速增加。与二代测序技术的短读长（50-500bp）... 阅... 阅 读 全 部 >
随着测序成本的不断降低，测序通量的不断提升，基因组大数据时代已经到来。无论是拟南芥的 1001 基因组研究项目，还是 3000 株水稻基因组的公布，都让研究者们获得了大量可用的测序数据，同时，不同品系的动植物基因组也逐渐发布，如拟南芥的 col 和 Ler，水稻的 9311 和 Nipponbare，那么如何快速的比较两套不同品系的参考基因组，从而准确鉴别两者之间的差异 SNP &a...阅读全文... 阅 读 全 部 >
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >