1. 介绍一般蛋白质组学数据用于文章发表时，杂志会要求上传质谱数据至公共数据库，供同行下载和分析。ProteomeXchange 是目前使用最多的蛋白质组学数据储存平台。ProteomeXchange旗下的成员包括PRIDE (EMBL-EBI,Cambridge,UK)，PeptideAtlas(ISB, Seattle,WA,USA)，MassIVE (UCSD,San ...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
数据库的提供了生物信息学的极大便利，也是数据挖掘的基础。现在最常见的数据库主要是GEO，TCGA，OMIM等数据库，尤其是前两者，几乎是肿瘤数据挖掘的必备数据库，TCGA更是专门肿瘤数据库。但是科学研究并不全是肿瘤研究，这里精选介绍3种强大的，而且是非肿瘤的数据库，希望对大家有用。1peoteomexchange数据库peoteomexchange数据库是专门蛋白质组学的数据库，包含了各种疾病和各... 阅 读 全 部 >
很多在华盈生物完成质谱检测服务后的客户，到了文章发表的阶段都会咨询如何上传原始数据到公共数据库这个问题。对于组学研究来说，文章发表时杂志社一般会要求将原始数据上传到公共数据库，并在正文中提供相应数据库编号供同行下载，以重新进行数据分析和核对。随着蛋白组学的发展，专门供质谱原始数据储存和分享的数据库也出现了，功能也日趋完善。今天，小编将为大家介绍一款目前应用体验度排名靠前的数据库——Prote...... 阅 读 全 部 >
上一期我们介绍了R语言数据读取的方法，这期我们一起全面了解下R语言的数据与图像输出的方法。在数据分析和可视化过程中，输出数据和图像至关重要。R语言提供了丰富的函数和包，用于导出数据文件和生成多种格式的图像文件。本期我们一起了解常见的数据和图像输出方法。R语言中的数据与图像输出方法一、数据输出方法Rstudio输出数据Rstudio输出数据非常简单，在Environment窗口中点击...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
R语言是一种开源的统计编程语言，主要用于数据分析、统计建模和数据可视化。自20世纪90年代开发以来，R在数据科学和生物信息学等领域获得了广泛应用，其丰富的包资源和开源社区的活跃支持使其在数据分析工具中脱颖而出。上次我们介绍了R包的安装方法，这次我们一起来学习R语言导入数据的7种方法。R语言的界面R语言中数据输入与读取方法数据输入与读取是数据分析的第一步，R语言为此提供了多种便捷的工...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
必备软件Aspera 插件 下载网址 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi“每个过程对应的网址：NCBI注册 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/申请BioProject 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
高通量测序时代，大量的原始测序数据都流向了NCBI的SRA数据库。尽心尽责的将文章有关的测序数据上传至公共平台发布，一方面，是对生物领域科学研究的奉献，方便数据再利用，进行新探索；另一方面，可进行数据分析重现、验证等，为课题研究的真实性提供依据。 但是，很多操作过数据上传的小伙伴们都发现，认真做好这件事可真不容易，成功拿到传说中的SRA accession number（序列检索号码）仿佛经历..... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >