1. 介绍一般蛋白质组学数据用于文章发表时，杂志会要求上传质谱数据至公共数据库，供同行下载和分析。ProteomeXchange 是目前使用最多的蛋白质组学数据储存平台。ProteomeXchange旗下的成员包括PRIDE (EMBL-EBI,Cambridge,UK)，PeptideAtlas(ISB, Seattle,WA,USA)，MassIVE (UCSD,San ...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
蛋白质组学（proteomics）专注于研究细胞、组织或整个生物体中的所有蛋白质，不仅关注蛋白质的存在，更重要的是它们的表达水平、修饰状态、相互作用以及功能。蛋白质组学的研究具有重要的科学和应用价值。以下，我们将通过一系列精心设计的问题，带您走进蛋白质组学的世界！学习大纲一、蛋白质组学研究意义何在？二、市面上常见的蛋白质组学技术分类有哪些?三、如何选择蛋白质组学...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
当我们投身于蛋白质的研究时，探索的焦点通常汇聚于蛋白质表达的动态变化、蛋白质发生翻译后修饰的精妙调控、蛋白质间错综复杂的相互作用、蛋白质所参与的生命过程和功能、三维结构的奥秘以及作为药物靶点的潜力。每一个研究方向都蕴含着丰富的知识并彼此交织，共同编织出蛋白质世界的复杂图景。为了应对这一领域的复杂性，我们精心整理了一系列常用的蛋白质研究数据库，旨在为科研工作者提供高效便捷的信息资源，节省宝贵的...... 阅 读 全 部 >
数据库的提供了生物信息学的极大便利，也是数据挖掘的基础。现在最常见的数据库主要是GEO，TCGA，OMIM等数据库，尤其是前两者，几乎是肿瘤数据挖掘的必备数据库，TCGA更是专门肿瘤数据库。但是科学研究并不全是肿瘤研究，这里精选介绍3种强大的，而且是非肿瘤的数据库，希望对大家有用。1peoteomexchange数据库peoteomexchange数据库是专门蛋白质组学的数据库，包含了各种疾病和各... 阅 读 全 部 >
在蛋白质组学如火如荼的今天，许多科研工作者在进行涉及到蛋白质组学的研究成果的投稿时，编辑一般会要求作者在第三方平台上提交蛋白组学的原始数据（“Public availability of data”）。 因此客户宝宝问题就来了：怎么上传原始数据，上传到哪个数据库，都需要上传哪些数据？今天小编就给大家介绍一下原始数据上传的那些事。原始数据上传到哪？ProteomeXchange(简称PX...阅读全... 阅 读 全 部 >
上期我们介绍了TissueEnrich包的安装方法以及对人鼠的基因列表进行组织特异性基因富集分析，本期我们来学习 TissueEnrich 包如何鉴定组织特异性基因，本期主要用到 TissueEnrich 的 teGeneRetrieval 功能函数，该函数可探索任意物种的组织特异性表达基因。文章发表teGeneRetrieval函数：组织特异性表达基因识别在基因组学研究中，组织特...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
科研数据分析中，如何知道你的差异基因或得到的基因列表富集在什么组织中？今天分享的TissueEnrich包可以轻松帮你解答这个问题。我们一起来学习一下这个R包。文章发表TissueEnrich包简介TissueEnrich包用于计算一组输入基因中的组织特异性基因富集程度。例如，用户可以输入RNA-Seq数据中表达量最高的基因或基因共表达模块，以确定在这些数据集中的基因富集到了哪些组...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
作者：Elisa Corsiero (e dot corsiero at qmul dot ac dot uk)Queen Mary University of London, London, England译者：潘海建 上海交通大学农业与生物学院食品科学与工程系简介抗体结构免疫球蛋白（Ig）或抗体是免疫系统的重要组成部分，根据结构它们扮演了双重角色。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
Patch-seq是一种结合了膜片钳记录技术（patch-clamp electrophysiology）、单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）和形态学分析的新兴技术。这种方法能够在同一个细胞中同时获得电生理特性、基因表达数据和形态学特征。2020年在细胞代谢期刊上发表了题为《Patch-Seq Links Single-Cell T...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
必备软件Aspera 插件 下载网址 ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi“每个过程对应的网址：NCBI注册 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/申请BioProject 网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >