生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
全基因组关联分析（GWAS）目前已经成为研究复杂性状和疾病遗传变异的有效手段，但是由于群体结构的存在，导致分析结果出现假阳性。经过数十年的发展，新的方法的不断出现，才使得群体结构对分析的影响进一步降低。Timeline of GWAS目前GWAS主要采取两种实验设计，一种是基于情缘关系的群体（Population-based cohorts）设计；另一种是基于无关个体的病例-对照（...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
# 一、无处不在的motif #在各类表观组学文章中，motif分析总是占据着关键版面，例如m6A文章中经典的RRACH类型RNA甲基化motif、ATAC文章中各类转录因子结合位点预测也少不了motif结果的展示，甚至可以利用motif分析预测蛋白功能。用途如此广泛的分析究竟该如何去理解与学习其基础概念，手上有数据该如何完成此类分析，分析结果又如何解读，今天我们就带大家来好好认识一下这位期刊文章... 阅 读 全 部 >
首先，您需要知道类似于比例的概念称为每度量比的像素（pixels per metric ratio）。近似含义是每个单位指标中包含的像素数。例如，图表上的1厘米包含100张图像。实际上，相当于引用对象的作用，例如已知地图上的引用材质，我们可以使用此引用对象将其转换为地图上其他对象的大小。引用对象需要具有两个重要属性：属性＃1：我们应该以可测量的单位（例如毫米...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
什么是泛基因组？泛基因组（pan-genome）作为一个概念出现的时间并不长，相应的研究文献也并不多。但它作为基因组学研究积累到一定阶段而出现，在更大尺度上进行的研究，甫一面世便受到了研究者广泛的关注。泛基因组(pan-genome)指一个群体中所有基因组的总和，其中前缀pan来源于希腊语“παν”（指全部）。泛基因组通过对一个物种中多个个体或是一个分类群体中多个物种的基因组信息进行分析...阅读... 阅 读 全 部 >
近年来，越来越多的研究表明，单一或者少数参考基因组不能涵盖整个种群全部的遗传信息，所以，构建物种的泛基因组成了当前基因组学研究的热点和前沿。本篇文章，小编和大家一起来了解一下泛基因组的构建方式、泛基因组的热点研究内容。一、泛基因组的构建策略泛基因组构建主要分为以下三种方式[1]：（1）选取一个参考基因组，各个材料的测序reads分别比对，将未比对上的reads进行组装，通过“比对-组装”的迭代过程... 阅 读 全 部 >
二十一世纪之初，在多国科学家的共同努力下，人类基因组草图被成功绘制。但让人们大吃一惊的是在人类基因组中能够编码蛋白质的基因只占整个人类基因组的不到2%，其余超过98%的人类基因组是做什么的还不清楚，有科学家把这些DNA叫做“垃圾DNA”，或基因组里的“暗物质”。为了解析这些所谓“垃圾DNA”的结构和功能，在2003年由美国人类基因组研究所(NHGRI)和欧洲生物信息研究所(EMBL)牵头，开展了E... 阅 读 全 部 >
通过前两周的《本地化适应是怎么发生的？》和《突变是否影响个体的适应性？》了解了群体的核酸多样性后，我们接下来就开始要着手进行功能基因的定位了。工欲善其事，必先利其器。在我们可以自由选用各类实验设计前，我们需要了解各种方法的基本原理。让我们先从连锁分析开始。1. 连锁分析的基本原理既然群体中产生了多样性，我们就期望将与性状相关的基因定位出来。在之前的文章中，我们提到功能基因定位的方法主要包...阅读... 阅 读 全 部 >
一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
数据结构的塑造是数据可视化前重要的一环，虽说本公众号重心在于数据可视化，可是涉及到一些至关重要的数据整合技巧，还是有必要跟大家分享一下的。在可视化前的数据处理技巧中，导入导出、长宽转换已经跟大家详细的介绍过了。今天跟大大家分享数据集的合并与追加，并且这里根据所依赖函数的处理效率，给出诺干套解决方案。数据合并操作涉及以下几个问题：横向合并；1. 是否需要匹配字段1.1 匹配字段合并 1.1.1 主字... 阅 读 全 部 >