GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在Apps...阅读... 阅 读 全 部 >
什么是生物统计学生物统计学是一种很有用的工具，正确使用这一工具可以使科学研究更加有效，使科学研究可以更加高效的开展。因此，它是每位生物科学工作者必须掌握的基础知识。联川生物近日对生物统计学进行了系统式的学习，所用的教材——《生物统计学基础（原书第5版）》是一本非常有特色的书，与其他同类书比较，其有以下几类优点：①教材内容通俗易懂但又非常严谨、细致、深入而又全面。书中的多数...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者：鲁伟，热爱数据，坚信数据技术和代码改变世界。R语言和Python的忠实拥趸，为成为一名未来的数据科学家而奋斗终生。个人公众号：数据科学家养成记 （微信ID：louwill12）今天要给大家介绍的是2017年的一款新包——magick包。可能大家看到推文题目也都知道了，这是一款图片与图像处理的扩展包，以后ps能做的R语言一定程度上也可以做啦。毕竟从大数据的角度来讲，图片图像数据也是数据嘛。话不... 阅 读 全 部 >
在字符串处理中经常会使用到正则表达式，例如从HTML源码中或事件日志中获取目标数据，一般可以通过正则表达式完成任务。在我看来，所谓正则表达式就是根据字符串中的规律书写的一种表达式，关键点是发现规律。根据我的工作应用场景，字符串处理中最为常见的四种手段有“拆、替、抽、取”，具体来讲就是：拆：将字符串按照某个分隔符切割开来例如，邮箱“[email protected]”，我想把邮箱的地...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
作者：Carson 数据分析师，R语言中文社区专栏作者。知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/carson-0814数据源：朝阳医院2016年销售数据分析指标：1、月均消费次数；2、月均消费金额；3、客单价；4、消费趋势打开excel数据源，数据的基本字段如下：一、将excel数据源导入R中二、对数据进行预处理“数据是一件麻烦的事——一件非常非常麻烦的事。”，数据分析工作... 阅 读 全 部 >
作者：yhat大约3年前我开始使用R，起初进展很慢，与我习惯的语言相比，语法更加直观也比较简单，而且需要一段时间才能习惯于细微的差别。我还不清楚语言的力量与社区和各种包的密切关系。和其他语言（比如Python和Java）相比，R可以更模糊和麻烦。好消息是，有大量的包可以在R基础库上提供简单和熟悉的界面。这篇文章是我喜欢和每天使用的10个包，并且我希望自己能早些知道他们。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
先用几个问题检验一下你是否需要看这篇文章dplyr包中如何批量筛选变量做汇总计算，知不知道有summarise_all at 这类函数reshape2包中的融合重铸和分组计算有什么关联tidyr 包的使用Hadley 大神本文介绍数据处理上的其他方面，和上一篇文章合在一起就可以组成处理数据的一个完整的系统。本文目录如下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
之前介绍了如何通过使用GDCRNATools这个包构建ceRNA网络，可以说整个过程非常简单和明了，对于我们学医的小朋友来讲，是个极好用的工具。但是这个包除了构建网络以外，还有很多附加的功能。要知道一篇ceRNA的文章，不单单只有那张网络图而已，还需要其他内容进行修饰和填充。那我们来看看这个包到底还有哪些功能？前两期链接：一这三条代码产生了下面几张图，具体就不解释了，一看就知道哈二输入上述的代码，... 阅 读 全 部 >
通过KEGG、GO等经典富集分析，我们能够了解到阈值筛选出的差异基因参与的通路和具备的功能，以及哪些功能/通路对表型变化是可能起主导作用的。但在经典富集分析中，我们无法得知某条通路下差异基因的总体变化趋势，即富集到同一通路下的基因既又上调也有下调，那么这条通路的表现形式到底是被激活了呢？还是被抑制了呢?且设定的阈值可能也会卡掉一些在统计学意义上无显著差异但实则有着重要生物学意义的基因，导致重要通路... 阅 读 全 部 >
寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥...阅读全文&... 阅 读 全 部 >