在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
一、不求甚解系列软件下载及配置conda安装： conda install -c bioconda homer使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置# 下载配置文件wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl# 使用配置文件进行软件配置perl configureHomer.pl -ins...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？ENCODE（Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/），翻译成中文就是 DNA元素百科全书，其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应，主要方法还是利用高通量的测序技术来...阅读全文... 阅 读 全 部 >
解读生信之美，探索每篇文章背后的故事大家好呀，我是风间琉璃。前面我们学习了这么多转录因子相关的顶级文献操作（“17+干湿结合转录因子生信套路！新的技能点又增加了！国庆回来给老板汇报用！”、“真香预警！近30分多组学干湿结合套路，你看这些图是不是很熟悉，仿佛自己也能来一套的样子？！”、“中科院一区近30分SCI，给你演示下干湿结合顶级套路！学会这个模板，收获一波10+代表作！”），想必大家已经对Ch... 阅 读 全 部 >
1. CHIP-seqChIP-Seq技术是研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术可以检测转录因子与DNA的动态调控作用，各种组蛋白修饰，染色质调控因子等，转录因子与组蛋白修饰的ChIP-Seq示意图如下：ChIP-Seq技术包括两部分：建库和测序，建库和测序的质量对于后续分析尤为关键，但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类，一类是X...阅读全文... 阅 读 全 部 >
micRNA测序与分析报告1. 建库测序工作流程1.1. 建库测序流程MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为20-24个核苷酸长度的具有调控功能的非编码RNA，miRNA 是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。从RNA样品到最终分析结果数据，需要经过样品检测、建库、测序和信息分析等过程，其中测序过程...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
1. Histone-Chip组蛋白(Histone)是什么？组蛋白是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用。组蛋白存在五个主要的组蛋白家族：H1/H5、H2A、H2B、H3和H4。 组蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心织蛋白（Core Histone）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
对于ChIP-seq实验，我们从比对文件中观察到的是链的不对称性，其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布，并与背景（输入或模拟IP样本）进行比较，以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2，一个基于模型分析的，常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）即基因集富集分析，该方法最早于2005年由Broad Institute研究所发表在PNAS杂志上，并提供了对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库，截止到当前已被引用3万多次。通过KEGG、GO富集分析，我们能够获取差异基因显著富集的通路和功能，及其对表型变化的潜在作用。但无法帮助我们知晓某条通路下差异基因的总体变化趋...阅读... 阅 读 全 部 >
家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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