前言在生命科学领域，单细胞测序技术被誉为“打开细胞异质性黑箱的金钥匙”。而单细胞全长转录组测序（Single-cell Full-Length Transcriptome Sequencing），作为该技术的“升级版”，不仅能够解析单个细胞的基因表达全景，还能精准捕捉mRNA的完整结构信息（如可变剪切、融合基因、新转录本等）。这一技术正在推动发育生物学、肿瘤微环境、免疫治疗等领域的研究走向更...... 阅 读 全 部 >
作者：Lily导读：可访问的染色质区域（the accessible chromatin regions）在人类基因组调控元件（regulatory elements）中富集。通过对可访问的染色质区域的研究，科学家们已鉴定出许多与人类疾病相关的遗传变异。目前，对单个细胞内开放染色质区域进行检测的一种成熟方法是：通过下一代测序（NGS）平台，使用测序技术对转座酶可及性染色质（tra...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
哈佛大学和麻省理工学院近期发表了“High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation.”研究论文中，将 cDNA 串联成可用于长读长测序最佳的单分子的技术应用于肿瘤浸润 T 细胞的单细胞 RNA 测序,提高了寻找可变剪接基因的准确度，验证了 T 细胞中典型的 PTPRC 剪接模式...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
在过去几年中，长读长测序技术在通量和数据质量方面取得了显著进步，极大地促进了人们对人类基因组变异的理解。长读长测序能够读取重复和高GC含量的区域，对于生成真核生物多样性的参考基因组，以及绘制完整人类基因组端粒到端粒图谱至关重要。长读长测序的另一个优点是能够对难以或无法通过其他基因组测序方法识别的复杂结构变异（SV）和重复元件进行基因分型。人类单细胞全基因组测序（WGS）已成为一个热点研究领域，有助... 阅 读 全 部 >
一、引言细胞作为生命的基本单位，承载着遗传信息并执行着复杂多样的生物学功能。然而，细胞之间存在着显著的异质性，这种异质性不仅体现在细胞类型和状态上，还体现在基因表达模式和分子调控机制中。传统的基因表达分析方法，如基于群体细胞的RNA测序（bulkRNA-Seq），虽然能够提供整体的转录组信息，但却掩盖了单个细胞之间的差异。这种“平均化”的数据使得我们难以深入了解细胞间的复杂相互作用以及细...阅读... 阅 读 全 部 >
一、研究背景单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞类型、状态和动态变化方面发挥着重要作用，但传统的短读长测序技术在全面表征RNA异构体方面存在不足。为克服限制，研究者们开发了单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq）技术，这是一种基于杂交捕获的方法，能够针对超过一千个感兴趣的基因进行靶向测序，显著提高了每个细胞中靶向转录本的中位数，为深入研究卵巢癌等疾病的转录组变异...... 阅 读 全 部 >
近些年，单细胞思路是生信研究热点，非肿瘤的单细胞数据相对较少，因此巧妙地运用单细胞数据，是提高文章质量的关键。今天分享一篇非肿瘤相关的纯生信文章，将Single-cell和Bulk RNA数据相结合，用常规的分析方法，发表在Frontiers in Immunology上，一起来看看吧。阿尔兹海默症免疫相关基因的表达和潜在调控机制开始这篇文章之前，我们先回顾一下单细胞RNA测序和Bulk RN..... 阅 读 全 部 >
Patch-seq是一种结合了膜片钳记录技术（patch-clamp electrophysiology）、单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）和形态学分析的新兴技术。这种方法能够在同一个细胞中同时获得电生理特性、基因表达数据和形态学特征。2020年在细胞代谢期刊上发表了题为《Patch-Seq Links Single-Cell T...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
高质量scRNA-seq数据检索/注释工具：Cell BLAST 嗨，小伙伴们大家好！哈哈~新的一年祝大家牛年大吉，多发paper，多拿基金，工作科研两开花，家庭事业双福气！为配合风哥单细胞测序分析R语言全代码系列，知你所求懂你所需，本着饭喂到嘴边的少妇原则，弘毅给大家带来相关的无代码数据库介绍。这周就从Cell BLAST开始，一款高质量scRNA-seq数据检索/注释工具，一起来康康吧~！ ... 阅 读 全 部 >
生信圈
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