2023
05-06
05-06
单细胞注释工具汇总
在单细胞研究中，最重要的一个环节就是细胞类型注释，这是一个极其考验研究者研究背景和精力的工作，但随着单细胞的研究越来越多，可提供给我们的细胞类型的marker信息也越来越丰富，基于这些marker信息开发的细胞注释算法使得我们的细胞注释工作越来越省力，今天就跟随小编的脚步来盘点一下最常用的细胞类型注释工具吧！SingleR：最早是来自一篇肺部巨噬细胞研究的单细胞论文，这篇文章作者用...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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在单细胞研究中，最重要的一个环节就是细胞类型注释，这是一个极其考验研究者研究背景和精力的工作，但随着单细胞的研究越来越多，可提供给我们的细胞类型的marker信息也越来越丰富，基于这些marker信息开发的细胞注释算法使得我们的细胞注释工作越来越省力，今天就跟随小编的脚步来盘点一下最常用的细胞类型注释工具吧！SingleR：最早是来自一篇肺部巨噬细胞研究的单细胞论文，这篇文章作者用...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
05-06
05-06
Dr. cell专栏 | Loupe Cell Browser操作宝典
还记得我们前两天培训中的Loupe可视化软件的内容吗？今天我们就趁热打铁一起来重温一下。文章很长，建议收藏，反复查看！10x Genomics拥有从实验到数据分析一套完整的单细胞解决方案，single cell analysis pipelines（Cell Ranger）和可视化的互动分析软件（Loupe Cell Browser）是解决方案中的亮点，10x转录组数据必经...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2023
05-03
05-03
一文带您全方位了解单细胞ATAC-seq
超越转录组：单细胞表观基因组学的价值？长期以来，研究人员一直在基于转录组数据来探索有关复杂细胞群体和过程的生物学见解。样本本身的异质性以及基因表达的细胞间差异促使科学家从批量（bulk）细胞的平均值测定转向单细胞RNA测序，以便更准确地描述复杂的生物系统。然而，单单凭借转录组的信息，也许无法讲述细胞的完整故事，科学家通常还想了解造成这些基因表达差异背后的原因 – 也就是说，从机理上解释通...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
05-03
05-03
数据可视化利器——loupe browser操作宝典
一．软件介绍10X genomics 公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的 cell Ranger 软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便，支持 windows 和 mac 两种操作系统，下载地址如下：https://support.10xgenomics.com/single-cell-g...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2023
05-03
05-03
单细胞数据分析干货——Loupe之数据过滤和重聚类
通常，运行完Cell Ranger得到的a.cloupe文件会得到所有细胞的默认分群结果。但是这些数据并没有进行严格的数据过滤，其中可能包含了很多细胞、死细胞或者状态不好细胞的信息。之前版本的loupe没有数据过滤后重聚类的功能，要实现这些数据的过滤我们一般会借助第三的分析软件比如seurat，现在10x Genomics公司已经对loupe进行了升级，升级到5.0之后只需要简单的几步操...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
05-03
05-03
单细胞测序实验为什么要去除死细胞 | 单细胞专题
1为什么要去死细胞10× Genomics单细胞方案要求使用具有较高活性的单细胞悬液。在实际实验中，因为样本类型和制备单细胞悬液方法的不同，容易出现单细胞悬液中死亡细胞的比例较高的情况。去除单细胞悬液中的死细胞和其他污染物对获得高质量数据是至关重要的。这是因为，死亡的细胞易裂解导致其中的RNA释放出来。这种cell-free RNA会导致检测的背景噪声，并会影响单细胞数据的质量。下文我们会...阅... 阅 读 全 部 >
2023
05-03
05-03
看Loupe可视化软件如何分析10x单细胞ATAC数据
（图片来源：10x Genomics官方素材，侵删）Loupe Cell Browser主要用于打开10X单细胞结果文件中的.cloupe文件，导入数据后，可捕获更多数据信息。在ATAC数据的应用主要在于：用于寻找显著peaks，区分转录因子motif，识别细胞类型，比较细胞群间染色质可接近性，以及探索细胞群内的亚群。在开始学习教程之前，相信各位小伙伴们已经下载并安装...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
05-02
05-02
单细胞联合还能这样玩，单细胞和EQTL联合分析确定疾病机制和潜在的治疗方法
毫无疑问多组学联合的实验设计对于解析生物学问题是十分有效且敏感的。相对于单组学来说，起到的是1+1>2的作用。多组学就像是一条河流，从最初的DNA（基因组）到转录水平（转录组）以及解析来进行翻译（蛋白组），以及下游对于代谢物质的研究（代谢组）。同时还有多种表观修饰发挥作用（表观组学），不同的外部微生物环境也会造成差异（微生物组）。从变异或者表达水平单方面去解析生物学问题，毫无疑问在当今...... 阅 读 全 部 >
2023
05-01
05-01
速看！单细胞测序分析流程解析来了 | 单细胞专题
10x genomic 平台可以一次捕获 1000~10000 个细胞，对于 v3 试剂，要求每个细胞至少测 20k reads，按照测序模式 PE150 进行计算，当捕获 5000 个细胞时，最少需要的数据量为 =5000×20000（reads）×300（bp）=30×109，即捕获 5000 个细胞时，至少要测 30G 的数据量。随着捕获细胞数的增加，测序量也是成倍增加，如何...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
04-30
04-30
项目文章丨单细胞测序揭示原发及转移性肝癌的免疫微环境特征
日前，Nature Communications 发表了来自军事医学科学院放射与辐射医学研究所研究员周钢桥课题组关于肝癌的最新研究。研究利用单细胞转录组测序绘制了原发性及转移性肝癌单细胞图谱，揭示了肝癌微环境的免疫细胞群体的构成并评估了慢性 HBV/HCV 感染与 T 细胞浸润和耗竭之间的关系。同时，研究还发现一群与肝癌进展及转移密切相关的 MMP9+ 肿瘤相关巨噬细胞（TAM），在...阅读全文... 阅 读 全 部 >
