解螺旋公众号·陪伴你科研的第1709天不会编程也可以快速绘制小提琴图。小提琴图（Violin plots）是箱线图与核密度图的结合，因其形态类似小提琴而得名。小提琴图在文献中使用很多，下图是国际知名期刊PNAS（美国科学院院报）2017年上的小提琴图：小提琴图一般使用R语言绘制，那么不会编程该如何绘制小提琴图呢？Graphpad Prism是由Graphpad公司推出的一款非常实用的集医学绘图、统... 阅 读 全 部 >
以下内容转载自“医咖会”微信公众号（medieco-ykh），作者李侗桐。上一期我们讨论了单因素方差分析，本期“科研加油站”栏目，我们一起来探讨双因素方差分析(Two-way ANOVA)。问题与数据某研究者已知受教育程度可以影响政治兴趣，即如果将受试者的受教育程度分为“School”、“College”和“University”3个等级（级别依次递增），他们对政治的兴趣随受教育程度的增加而增加。... 阅 读 全 部 >
以下内容转载自“医咖会”微信公众号（medieco-ykh），作者李延龙。上一期我们讨论了单因素重复测量方差分析，本期 “科研加油站”栏目，我们一起来探讨两因素重复测量的方差分析。问题与数据某研究者拟评估海水淹溺后残留于肺内的海水是否可导致严重的肺损伤，建立动物模型。将12只杂种犬随机分为两组，一组海水灌注右肺，另一组海水灌注全肺，每组6只。每只犬分别于海水灌注前以及灌注后5min、30... 阅 读 全 部 >
做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？里面的点、线、不同颜色都代表什么含义。KEGG Pathway分类一般，KEGG中存在三大类代谢图，每个数据路的pathway都有相应的唯一编号，如map00010，据此可在kegg数据库官网查询：第一类、reference pathway：根据...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
由微生物线、转录组线、小RNA线、蛋白代谢线四个小组组长带领各队组员“浴血奋战”， 经过“重重考验”，数次修改，本篇文章过关斩将，脱颖而出！快来和小编一起观摩这篇优秀的文章吧感谢其他三条线的小组成员的参与，下一篇精彩文章的主笔就是你们！如果你是个地地道道生物科研人，当你想要形象地展示不同分组之间表达量的差异时，第一个被激活的idea是啥？——肯定是热图无疑了。它色彩鲜艳、分明，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台如果你的研究要带上生信，总得了解一下热图，这是最常用的一种数据表现手法了，号称入门必备技术。尤其多用于展示各种基因或RNA在不同样本中的表达，观察其表达模式。但一堆堆的色块让人眼花缭乱，背后的分析方法更让人不知从何下手。今天我们先来初步探一探门道。读热图的解读一幅典型的热图如下，最显眼的是中间像浴室地砖一样的小色块铺成的一片板子，那就是热图本身。本...阅读... 阅 读 全 部 >
利用16S/ITS多样性测序，可以准确了解群落的微生物组成，同时也可以大概的了解群落功能组成情况。因为16S、ITS的功能预测能在一定程度上代替宏基因组、宏转录组的群落功能的分析，所以是现在微生物比较热门的分析点。16S的功能预测有四个相关软件，分别是PICRUSt[1]、Tax4Fun[2]、FAPROTAX[3]、BugBase[4]ITS的功能预测相关软件是FUNG...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
LEfSe分析，可以分析组间菌群差异，可以找出各组间特异的主要菌群，有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析，只需要按照要求整理好相应的表格即可，下文是具体步骤及示例数据，大家可以自行进行尝试。数据准备输入文件环境样本丰度表，处理的格式如下图所示：数据摘抄于网上。第一行：以氧含量区分的名字第二行：以组织部位的样本名字第三行：代表编号第四行：是分类水平的最高级，依次往下... 阅 读 全 部 >
在spss统计分析中，方差分析在比较均值菜单和一般线性模型菜单中都可以做，单因素方差分析一般称为单因素Anova分析，单变量方差分析一般称为一般线性模型单变量分析。这两种方法既有区别又有联系，在统计学中，这两种分析方法统称为方差分析，在spss中由于线性模型的引入，才有所区分，那么这两种分析方法在具体应用中有什么样的区别和联系？二者的适用情况是什么？分析结果有何异同？下面将进行详细介绍。 【...... 阅 读 全 部 >
一、前言 之前有说过，Zotero一大好处就是开源，免费。而软件开源的好处是，会有很多技术大拿一起再GitHub上面给软件写各种各样强大的插件。Zotero就是如此，借助于插件， Zotero战斗能力倍增，可以让大家更为轻松自如地学习与管理文献。今天，小编就为大家带来Zotfile这个插件，感受下开源软件的人性化设计。 二、Zotfile 插件的使用 2.1 安装 直接进入Zotfile... 阅 读 全 部 >