SLAM-seq测序
翻译组学测序研究利器|Ribo-seq&Polysome-seq
Nature｜王华等揭示H3K4me3在转录调控中的具体作用
偶然听说别人做的转录组和你知道的那个mRNA测序不太一样，都是转录组，他们好像讨论的是lncRNA、miRNA、cricRNA，这么多种类的RNA数据，竟然还是测一次就都有的了，怎么办到的？这其实做的是全转录组测序。全转录组是特定细胞在某一状体下所有转录产物的集合，就包括了上述提到的编码和非编码RNA等。大家都不是小孩子了，基迪奥知道你也想全都要。在你着急送样马上想有全转录组数据之前，先来了解一下... 阅 读 全 部 >
起始材料：RNA定量逆转录PCR（quantitative reverse tranion PCR, RT-qPCR）是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。 在该方法中，总RNA或信使RNA（mRNA）首先通过逆转录酶转录成互补DNA（cDNA）。随后，以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR已被用于多种分子生物学的应用中，其中包括基因表达分析、RNA干...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
好的图形展示方式能够简明扼要地表达数据，而好的配色一方面能够突出数据的重点，另一方面能够使所有的数据和谐共存。好的配色是图的二次进化，能够赋予图片“生命”。1，日常生活中使用的颜色日常生活中，我们经常提到各种颜色，例如赤橙黄绿青蓝紫，中国红，香蕉黄等，一般用来定性描述物体的颜色属性，不够精确，例如，红色，是红绿灯的红色，还是苹果的红色？所以一般不在科技论文中使用。2，RGB配色方案最常用的颜色方案... 阅 读 全 部 >
Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >
目录1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test psych::corr.test Hmisc::rcorr 其他工具 2. 相关性矩阵转化为两两相关 3. 可视化 corrplot gplots::heatmap.2 pheatmap 1. 矩阵相关性计算方法base::cor/cor.testR基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数，但cor可直接计算矩阵的...... 阅 读 全 部 >
关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
21世纪是生命科学的世纪。人类基因组DNA测序计划的完成，RNA干扰技术、干细胞技术、CRISPR/Cas9基因编辑技术等一系列重大生物技术的诞生，极大推动了生命科学的发展，为保障人类健康、提高人类生活质量提供了重大技术支撑。而21世纪全球经济的迅猛发展、科研合作的深度融合，也推动了全球高质量科研产出的快速增长。今天，我们一起来了解下21世纪头20年被WOS数据库收录（SCIE论文）的全...阅读... 阅 读 全 部 >
BSA在遗传学、基因组学和育种中的应用摘要以前生物学分析需要基于样本群体中的所有个体开展，但是混合样本分析（Bulked sample analysis, BSA）这种通过挑选个体并进行混合分析的方法渐渐在遗传绘图方面得到了广泛运用，方式包括构建双亲本遗传群体、测序重要基因突变体或是对极端突变体进行GWAS分析等。与传统的基于整个样本群体的分析相比，BSA显著降低了测序的规模（数据量）和花...阅... 阅 读 全 部 >
早在1991年，一位来自法国的生物学家Michelmore首次将BSA技术应用到莴苣的霉病抗性基因位点的验证之中，他利用RFLP和RAPD两种标记对两个不同抗性的莴苣混合样本进行探究，根据不同混池样本的RFLP和RAPD凝胶电泳成像结果，最终找到了3个与霉病抗性基因紧密相关的标记[1]，这一结果标志着BSA的“诞生”，由此拉开了BSA的序幕。高通量测序技术的不断发展，推进了BSA技...阅读全文&... 阅 读 全 部 >