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2023
12-19

FFPE样本的空间转录组是怎么做的？

上期我们介绍了空间转录组冰冻组织样本的制备，那么这期就来聊一聊空间转录组FFPE样本的那些事儿。FFPE样本常用于储存临床上的病理组织，是珍贵的医学研究材料，但由于FFPE样本固定时福尔马林的使用和保存时间久等原因，导致核酸存在不同程度的降解，使得研究基因表达颇为棘手。10x Genomics经过探索推出了Visium FFPE空间基因表达解决方案，不仅突破了这个障碍，能从 FFPE 样本...阅... 阅 读 全 部 >
2023
12-17

小白课堂 | 挑战不可能，FFPE样本该如何进行单细胞测序？

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本自诞生以来，凭借着保存时间长、可关联临床及多组学数据等诸多优点，是生物技术研究、药物发现和回顾性基因研究的宝贵资源。不过令人遗憾的是，FFPE样本目前在单细胞研究中的使用却非常少，组学检测项目也相当有限，究其原因是FFPE处理使得样本中的RNA质量下降且存在片段化，所以难以准确评估转录本的表达。为突破这一壁垒，10x Genomics 经过不断优化...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023
12-16

用证据说话——实测FFPE样本进行单细胞测序狠好使！

福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本是临床上长期保存病理样本的常用方法，其可以和有价值的临床数据（如患者临床资料，患者生存预后信息，用药和治疗疗效等）相关联，为确定疾病的发生发展机制研究、生物标志物和药物靶标提供了巨大的资源 ，是进行回顾性研究的不二之选。但这种FFPE处理方式会使组织中的核酸发生不同程度的降解，在过去由于技术...... 阅 读 全 部 >
2023
07-28

TRIzol裂解的细胞能做Ribo-seq吗 | 翻译组

这段时间许多童鞋在后台问，TRIzol裂解的细胞能做翻译组测序（Ribo-seq）吗？今天统一回复下。图 (A)核糖体保护mRNA足迹不被消化；(B)将足迹与基因组比对，可以显示出哪些mRNA正在翻译以及翻译水平高低上图是Ribo-seq简化的实验流程图。Ribo-seq实验是这样做的：快速收获细胞并裂解，保持体内核糖体结合mRNA的位置。然后用RNase I对细胞裂解液进行消化处理（Nucl..... 阅 读 全 部 >
2023
06-27

NGS mRNA建库完全攻略—从mRNA纯化到注意事项

mRNA测序简述RNA高通量测序（RNA-sequencing,缩写为RNA-seq）是目前高通量测序技术中应用广泛的技术之一，它可以帮助我们了解各种比较条件下基因表达情况的差异。在所有差异类型的检测中，常见的就是检测mRNA表达量的差异，而mRNA样本在上机测序之前会做怎么的处理？它与DNA样本的建库处理又有哪些不同？这些你们都清楚了吗？今天小翌跟大家讲解的就是这部分内容。 ...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-18

染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq）的数据挖掘思路 ｜干货系列

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步：整体把握CHIP-seq图谱特征：peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因：差异peak鉴定、非时序数据的...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
06-18

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
05-07

速看！单细胞测序分析流程解析来了 | 单细胞专题

10x genomic 平台可以一次捕获 1000~10000 个细胞，对于 v3 试剂，要求每个细胞至少测 20k reads，按照测序模式 PE150 进行计算，当捕获 5000 个细胞时，最少需要的数据量为 =5000×20000（reads）×300（bp）=30×109，即捕获 5000 个细胞时，至少要测 30G 的数据量。随着捕获细胞数的增加，测序量也是成倍增加，如何...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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