今天我们要讲的主题是RNA的甲基化修饰。是的，不是DNA不是蛋白，也不是前面我们介绍过的microRNA、lncRNA与甲基化（（策略篇）甲基化：一个与lncRNA剪不断理还乱的主题，（文章篇）S3E15: 组蛋白甲基化修饰在lncRNA水平调控中的作用），就是RNA水平的甲基化修饰。1. 什么是RNA甲基化修饰？我们知道DNA的甲基化修饰是发生在胞嘧啶（C）上的，而最常见的RNA的甲基...阅读... 阅 读 全 部 >
标记基因筛选（差异分析）与可视化类似普通RNA-seq，10X ScRNA-seq也会进行差异分析。但两者的分析目标通常不同，所以策略上也有所不同，具体请见下表。1分析目标与策略10X ScRNA-seq在细胞分为若干亚群后，一般需要对细胞亚群进行鉴定。亚群鉴定则依赖于标记基因。例如，如果是血液样本，高表达CD79A的亚群为B细胞；高表达CD3D和CD8A的亚群为T细胞。因此，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
10X genomics ScRNA-seq数据的分析，属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤（图1）。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外，后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容，我们下文来一一解析。图1 基础分析步骤细胞过滤10X ScRNA-seq数据可以每个样本获得数千个单细胞的转录组信息。但并非每个单细胞的数据都是合格的，因此需要设立标准进行过...阅读... 阅 读 全 部 >
如果大家想要了解测序原理，参考文章（ 测序产生了那么多数据，你知道测序的原理吗？ ）； 如果大家想要了解测序数据格式，参考文章（）本文介绍RNA-seq的具体分析流程。1、cutadapt去接头我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件，需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下：#cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30（负值u表示... 阅 读 全 部 >
近年来，ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器，在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控，包括信号通路、细胞发育、疾病发生等，同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。表1 ATAC-seq发表的部分高分文章什么是ATAC-seq？染色质开放区：真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构通过一系... 阅 读 全 部 >
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing，中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前，通过A... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有...... 阅 读 全 部 >
2014年，单细胞测序被列为《Nature Methods》年度最重要的方法学进展。通常说的单细胞测序，是指单细胞的mRNA测序。随着单细胞RNA测序技术日渐成熟，可预计将来会有越来越多的单细胞测序应用于科研和临床。细心的读者可能发现，转录时空已经推送了很多单细胞测序领域的文章。针对火热的单细胞测序，我们将对单细胞测序的特点、实验设计、分析方法将一一进行介绍，分享给大家。1-RNA测序特点...阅... 阅 读 全 部 >
转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足，下机数据质量差，分析结果不理想等问题，影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化，但“RNA-Seq千里之行，始于样本”，保证RNA提取的完整性与总量，是RNA-Seq的第一步，也是很重要的一步！从源头分析，您的样本准备做好了吗？由于RNA样本的特殊性：1）结构的特殊性，（相比于DNA）极易降解；2）RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >
癌症是一种复杂疾病，与多个基因的突变相关，包括表观遗传变异、染色体易位、基因缺失和拷贝数变异。非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA) 是一种具有基因组的编码域但大部分都没有翻译成蛋白质的新兴转录本，在各种细胞的生理功能中，ncRNAs扮演关键角色，特别是长非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)，在染色质动力学、基因表达、细胞生长和分...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
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