近年来，微生物群落结构多样性一直是科研工作者研究的热点，微生物“个 头小，本领强”，从人体的皮肤、口腔、胸腔、阴道到肠道、粪便，无处不在，又称为“人体第二基因组”，在人体中发挥着巨大的作用。还广泛存在于土壤、水体、发酵液、植物、空气等环境样本中，它们推动着地球物质循环，影响着人体乃至整个地球生物圈的健康。 传统研究中，是将环境样本中的微生物进行分离培养，提取已经分离培养出来的每一个纯菌的DNA，针... 阅 读 全 部 >
编者按：近期，Nature Methods杂志发布了2022年年度最佳方法，长读长测序技术（Long-read sequencing）荣获这一荣誉。那么长读长技术在生命科学领域有哪些应用呢？又可以如何助力肠道研究呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。① 长读长测序技术令生命科学领域的科学家们兴奋的是，测序仪输出的r...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者：微生态编译：微科盟牛魔王，编辑：微科盟茗溪、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读肠道微生物群与多种生理状态有关，但关于因果关系的争议仍未解决。在本研究中，我们利用全基因组、全宏基因组、人体测量和血液代谢特征数据对3432名中国人进行了双向孟德尔随机分析。我们确定了58个肠道微生物群和血液代谢物之间的因果关系，并复制了其中的4...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
发表期刊：Microbiome (IF=14.652)发表时间：2022.2合作单位：南京农业大学样本类型：土壤DOI: 10.1186/s40168-022-01236-9研究背景在土壤微生物中，植物生长促进细菌 (PGPB) 是工程微生物组应用于农业的重要环节，包括改善生物控制和植物生长，PGPB 可以加强植物的养分吸收或调节植物激素水平，或通过抑制各种病原体和增强免...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
微生物组测序 （主要指扩增子测序、全长扩增子测序与宏基因组测序）可提供细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决“who is there”（那儿有谁）和“what are they doing”（在干嘛）的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决“what have really happened”（究竟发生了什么）的问题。生物科学研究过程复杂，单独和片面的单一组学无...阅读全... 阅 读 全 部 >
前几期我们介绍了扩增子测序分析流程，包括：微生物群落组成分析，α多样性分析，β多样性分析。接下来几期将结合R语言将扩增子测序分析结果可视化，从而更直观地展现群落结构及丰度分布。R是一门用于统计计算和作图的语言，其强大的绘图功能主要由众多的图形函数来实现，包括：高级绘图函数，低级绘图函数，图形参数。本期主要介绍通过柱状图，热图，韦恩图实现对微生物群落组成分析的可视化。1. 柱状图输入文件：在OTU聚... 阅 读 全 部 >
这个春天注定让人印象深刻，新型冠状病毒的爆发和蔓延牵动着亿万同胞的心，虽然疫情防控严峻复杂，但全国人民万众一心，终于取得了一定的阶段性的成果。今天小欧就为即将复工战斗在科研一线的小伙伴们送上福利，介绍一篇由加州大学圣地亚哥分校儿科和微生物创新中心、加州大学计算机科学与工程系和质谱创新中心合作，于2019年11月发表在Nature methods 上题为Learning represent...阅读... 阅 读 全 部 >
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