2021
08-14
08-14
宏基因组分析——基因预测篇
在前两期的推送稿中，我们为大家介绍了宏基因组组装的基本原理和操作。基于组装序列，我们可以实现基因预测、物种注释、功能注释等相关分析，从而研究微生物菌群结构、菌属功能及作用机制。因此，本期我们将从基因预测的原理和操作两个部分出发，为大家介绍基于组装序列的基因预测。1基因预测原理宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于... 阅 读 全 部 >
利用16S/ITS多样性测序，可以准确了解群落的微生物组成，同时也可以大概的了解群落功能组成情况。因为16S、ITS的功能预测能在一定程度上代替宏基因组、宏转录组的群落功能的分析，所以是现在微生物比较热门的分析点。16S的功能预测有四个相关软件，分别是PICRUSt[1]、Tax4Fun[2]、FAPROTAX[3]、BugBase[4]ITS的功能预测相关软件是FUNG...阅读全文>&g...