我们上一期介绍了数据挖掘中的表达量挖掘法（回顾戳这里☞），相信大家都已经了解了四大利器的威力，那么今天我们就带大家接着了解一下功能挖掘法和寻找“明星”的数据挖掘方法吧。图1.转录组数据挖掘常用方法功能挖掘法虽然我们进行了表达量的挖掘，但是每个基因在生物过程中都具有它们独特的功能，仅关注表达量的信息，会让我们漏掉非常多的信息。因此我们不能局限于表达量挖掘，而忽略了基因的功能。数据的挖掘除了...阅读... 阅 读 全 部 >
在我们平时的工作中，经常会遇到小伙伴咨询，怎么样能对高通量测序的数据进行挖掘呢，有没有比较详细的文章能介绍一下呢。鲁迅先生曾说过，这世上本没有路，走的人多了，便也就成了路。同样的，问的人多了，自然方法也就来了。我们将历来的经验进行汇总，得出了一个常见数据挖掘方法：图1.转录组数据挖掘常用方法根据上面的图所示，转录组的数据挖掘可以从三个方面入手：表达量、功能和寻找“明星”入手，今天我们先来了解一下表... 阅 读 全 部 >
RNA-seq是目前最广泛应用的高通量测序技术之一，其研究难点已经不再是如何获取大量表达数据信息，而是如何挖掘大量测序数据背后所蕴含的生物学意义，因此标准分析已经不能满足深入挖掘数据的需求，安诺转录组高级分析，通过深层剖析让你的测序数据物尽其用~1. 基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA）如今多样本分析逐渐成为趋... 阅 读 全 部 >
一、WGCNA分析简介随着转录组测序价格下降，进行测序的样本数也在逐渐增多，WGCNA（weighted gene co-expression networkanalysis，权重基因共表达网络分析）这种适合大样本的分析方法，在疾病以及其他性状与基因关联分析等方面应用越来越广泛。WGCNA最大的优势在于，能将多个样本中成千上万的基因，根据它们的表达模式划分到数个至数十个模块当中，然后以模块...阅... 阅 读 全 部 >
Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >
今天分享的是使用CAMERA对代谢物加和峰进行注释。下面我们就来介绍一下具体方法。操作步骤#载入R包library(CAMERA)#单个样品file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA") xs <- xcmsSet(file,method="centWave",ppm=30,peakw...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >
提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包：instal... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析。操作步骤进入DAVIDhttps://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp上传基因列表选择物种开始分析选择转换选择格式，按照ENTREZ_GENE_ID转... 阅 读 全 部 >
对高通量测序数据进行比对，就是将测序得到的reads定位到基因组序列上，对illumina或454得到的short reads比对的软件主要有Bowtie BWA HISAT Tophat。SAM格式，是序列比对文件的格式。分为头部区和主体区，都以tab分列。@HD VN:1.0 SO:unsorted头部区第一行，VN是格式版本，SO是比对的类型，有unknown,unsorted,q...阅读... 阅 读 全 部 >