ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing，中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前，通过A... 阅 读 全 部 >
前言RNA甲基化是当今最热门的研究领域之一，2017年共有125篇m6A相关文献发表。而今年更是井喷式增长，截止目前，已发表144篇文献，其中不乏nature，cell等顶级期刊。m6A的功能也是十分强大，涉及生长发育的各个方面。概述m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA最常见的一种转录后修饰，占到RNA甲基化修饰的80%。早在上...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有...... 阅 读 全 部 >
2014年，单细胞测序被列为《Nature Methods》年度最重要的方法学进展。通常说的单细胞测序，是指单细胞的mRNA测序。随着单细胞RNA测序技术日渐成熟，可预计将来会有越来越多的单细胞测序应用于科研和临床。细心的读者可能发现，转录时空已经推送了很多单细胞测序领域的文章。针对火热的单细胞测序，我们将对单细胞测序的特点、实验设计、分析方法将一一进行介绍，分享给大家。1-RNA测序特点...阅... 阅 读 全 部 >
转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足，下机数据质量差，分析结果不理想等问题，影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化，但“RNA-Seq千里之行，始于样本”，保证RNA提取的完整性与总量，是RNA-Seq的第一步，也是很重要的一步！从源头分析，您的样本准备做好了吗？由于RNA样本的特殊性：1）结构的特殊性，（相比于DNA）极易降解；2）RNA酶非...阅读全... 阅 读 全 部 >
2017年发表的文章《CircView: a visualization and exploration tool for circular RNAs》曾对近几年发表的circRNA文章数目进行统计。统计发现早在20世纪90年代circRNA的文章就有报道，但是低迷很长一段时间。2013年预测circRNA工具的文章发表，使得2013年成为circRNA研究的转折点，当年发...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
环状RNA的定义是什么？circRNAs（Circular RNAs，环形RNA分子）是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。环状RNA研究的历史？1971年。研究者在马铃薯纺锤块茎病的研究中，发现类病毒（Viroids）能侵染植株并导致死亡。与病毒不同的是，类病毒没有蛋白质外壳包被，基因组是单链、闭合、RNA分子。1979年洛克菲勒..... 阅 读 全 部 >
基于生物研究的中心法则而言，一般来说一个基因是从DNA- RNA-蛋白的过程。但是在研究过程当中，总有一些基因是不会最后翻译成蛋白的。所以我们就把这种不翻译成蛋白的RNA叫做非编码RNA(non coding RNA, ncRNA)。这里我们就简单的总结一下ncRNA的分类。对于ncRNA的研究，随着研究的深入肯定会发现更多类型的ncRNA。这里我们是基于19年发表的一篇综述当中的分类来进...阅... 阅 读 全 部 >
都说做人难，做好人更难，好人全靠高情商。都说lncRNA情商极高，与上层领导(DNA)关系暧昧，与同事(RNA)关系很铁，与下属(蛋白质)关系紧密，八面玲珑的lncRNA那是相当吃得开啊。想在生物行业这个圈子里混得好，还得多向lncRNA学习。来，咱们今天就向大家分析分析lncRNA如何在圈子里如鱼得水，嘿嘿！图1 （网络来源图片，和珅）lncRNAs作用范围广泛，机制非...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
癌症是一种复杂疾病，与多个基因的突变相关，包括表观遗传变异、染色体易位、基因缺失和拷贝数变异。非编码RNA(non-coding RNA，ncRNA) 是一种具有基因组的编码域但大部分都没有翻译成蛋白质的新兴转录本，在各种细胞的生理功能中，ncRNAs扮演关键角色，特别是长非编码RNA(long non-coding RNA，lncRNA)，在染色质动力学、基因表达、细胞生长和分...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >