如果你对生物信息不那么了解，或许会搞混FASTQ和FASTA，它们都是序列保存的一种格式，是用于NGS分析的基础数据。其实二者很好区分，并且可以通过一定的处理进行格式转换。FASTQFASTQ：是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。你拿到的测序数据均是fastq格式的。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初是由Sanger开发，目的是将F...阅读... 阅 读 全 部 >
在实际工作中，每个数据科学项目各不相同，但基本都遵循一定的通用流程。具体如下：数据科学工作流程数据导入数据整理反复理解数据数据可视化数据转换统计建模作出推断（比如预测）沟通交流自动化分析程序开发下面列出每个步骤最有用的一些R包：数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据feather：一种快速，轻量级的文件格式。在R和python上都可使用readr：实现表格数据的快...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
前文我们讲到R处理数据面对的6种对象：向量，矩阵，数组，因子，列表，数据框。A. 那我们就得好好给大家介绍一下这位能者的6个对象都长什么样子了。· 1.向量 ·向量大体上分为3种，数值向量，字符向量，逻辑向量。（单个向量内元素类型必须一致）数值向量：> c(1,2,3,4,5,6,7)[1] 1 2 3 4 5 6 7字符向量（字符向量使用单...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
预计阅读时间4分钟R拥有许多用于存储数据的对象类型，包括标量、向量、矩阵、数组、数据框和列表。它们在存储数据的类型、创建方式、结构复杂度，以及用于定位和访问其中个别元素的标记等方面均有所不同。下图是一张R语言数据结构图。文章目录快速检索，先看看哪部分感兴趣，查漏补缺~向量向量类型向量的创建向量中元素的访...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1.环境：CentOS7+已安装好miniconda 2.conda安装wget<pre>conda install wget</pre>3.下载conda环境文件<pre>wget https://data.qiime2.org/distro/core...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学NicolaSegata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生活方式和年龄人群的9,428个宏基因组，突破性地重建了154,723个人体微生物基因组（45％高质量），其..... 阅 读 全 部 >
JS传递变量给PHP：<script> var s = 'js变量的值传递给php'; </script><?php echo $c = "<script> document.write(s)</script>";?>PHP传递变量给JS：<?php $p...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在转录组测序（RNA-Seq）中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。基因长度的影响：在同一个样本中，基因越长，随机打断得到的片段就越多，该基因被测到的概率就越大，比对到该基因的reads就越多。测序深度的影响：不同样本中，样本的测序深度越高...阅读全文... 阅 读 全 部 >
随着抗生素药物的发现及使用，越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前，通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制，为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库，但它从2009年开始就不再更新。而CARD(the Comprehensive Antibiotic Rese..... 阅 读 全 部 >
微生物的基因组序列被研究的越来越多，当我们得到菌株的基因组序列后，我们该怎样进行分析研究？通常我们会通过NCBI、KEGG等公共数据库来进行基因组的注释分析，但有时你会发现分析结果没有针对性，想要研究却无从下手。这时我们不妨换个专有数据库来试试，或许能得到不一样的结果，从而踏上“不一样”的科研之路，发更高分的文章。下面就让小编来介绍几个微生物专有数据库供大家参考。Isfinder (the ref... 阅 读 全 部 >
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