前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的，但是在实际应用中，对规模比较大的高性能计算任务，一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。集群系统具有低成本、高性能的特性，提供了强大的批处理和并行计算能力，代表了高性能计算机发展的新方向。在集群或者超级计算机平台上，一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计...阅读... 阅 读 全 部 >
E-HPC 低成本计算方案E-HPC作为阿里云上的云超算产品将HPCaaS公共云服务提供给客户，将公共云上资源弹性优势，高性能的优势，计算资源的多样性等优势提供给HPC用户，如果HPC用户追求极致性能的HPC集群，我们可以提供SCC，裸金属服务器，EGS异构计算资源。对于成本相对比较敏感的客户， E-HPC提供自动伸缩+抢占式实例+断点续算低成本计算方案，从而可以将云上普惠的高性能计算服...阅读... 阅 读 全 部 >
Nucleic Acids Research/核酸研究，IF17分，在生物医学大数据领域一直都是投稿人心中的“圣洁女神”，发表在该刊上的文章同行认可度高、行业影响力大。随着医疗大数据时代的来临，越来越多的高质量临床数据被整理收集，形成了一套完整的数据库。近期我们发现，中国学者在NAR上接连发表了9篇生物医学数据库（database）的原创研究。 这些公共数据促进了临床数据和科研...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
早在1991年，一位来自法国的生物学家Michelmore首次将BSA技术应用到莴苣的霉病抗性基因位点的验证之中，他利用RFLP和RAPD两种标记对两个不同抗性的莴苣混合样本进行探究，根据不同混池样本的RFLP和RAPD凝胶电泳成像结果，最终找到了3个与霉病抗性基因紧密相关的标记[1]，这一结果标志着BSA的“诞生”，由此拉开了BSA的序幕。高通量测序技术的不断发展，推进了BSA技...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
本文精选自“少年大不同”有着“杂交水稻之父”的美誉，袁隆平也被国人亲切地称为“当代神农”。他之所以能获得巨大的成功，除本人努力外，还与其父母的教育方式有很大关系。袁隆平说，父母影响了他的一生。那么袁公的父母究竟是怎样的？他们之间又有着怎样的故事？01一代大师给另一代大师接生1905年，袁隆平院士的父亲袁兴烈出生于江西德安。袁兴烈在父亲的教导下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导读：随着二代测序技术临床应用的不断增加，越来越多与癌症发生发展密切相关的突变被鉴定出来。将基因突变的结果更好地转化为实际临床应用，统一而通用的突变命名规则就显得尤为重要。人类基因组变异协会（HGVS：Human Genome Variation Society）规则是目前学术界所公认的命名规则。从不同的维度出发，相同的基因突变可以有多种不同的表现形式，例如，参考序列的不同、表...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
人类基因组突变学会（Human Genome Variation Society，HGVS）已建立系统的基因突变命名方法，是目前学术界所公认的命名规则。具体基因突变命名方法可查阅网站http://www.HGVS.org/varnomen。HGVS基因突变命名指南根据需求不断更新。HGVS官方网站遗传信息的流动遵循中心法则，即从DNA传递给转录后的RNA，后者进一步修饰后再翻译...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台关于基因，它早期的名称可以说是毫无章法，命名全凭研究者的个人喜好以及天马行空的想象力，比如果蝇里的吸血鬼基因（dracula，怕光）、蓝精灵基因（Smurf，调控SMAD）、冰山美人基因（Icebox，突变后对异性示好无感）、都铎王朝基因（tudor，无后）等等。显然，这种杂乱的命名方式，总会让科研者与基因面对面时感到一脸懵逼且无所适从，尤其不利于科研者对基... 阅 读 全 部 >
提起高性能计算（HPC），你最先想到什么？是全球超算TOP 500六连冠的天河二号？还是帮助中国实现戈登·贝尔奖零突破的神威·太湖之光？超高运算速度，超大运算资料量，HPC正以前所未有的迅捷性，促进人类信息处理能力再攀升。有人说了，HPC如此高大上，要实现肯定很困难吧。资深IT老司机...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
前言简化基因组测序技术应用方向之群体分析群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的学科，其研究对象是自然群体，一般是某一物种不同的群体（如不同品种、不同地域等作划分），早期的研究方法主要是使用SSR标记或某个基因（如COI）。高通量测序技术的飞速发展促进了群体遗传学的研究，目前主流的方法是基于简化基因组测序从全基因组范围开发大量SNP标记，进而开展群体遗传进化、系统发育、种质资源...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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