你的非肿瘤单细胞结合普通转录组分析模板已经到位，还不赶快产出你的第一篇单细胞生信文章？Hi，大家好，我是晨曦机器学习的旅程让我们稍作停留，新的一年，我们继续聚焦在单细胞年前，我们总共介绍了十几种单细胞数据库，这些数据库可以为我们的单细胞分析提供强大而又可靠的数据支持，在单细胞数据库方面我们准备的已经足够多了，接下来我们进入下一个板块——单细胞文献阅读在这一个板块，我们将通过阅读单细胞文献来逐步丰富... 阅 读 全 部 >
作者：华大时空来自美国加州大学的冯根生团队，利用scRNA-seq绘制了从新生儿到成年的单细胞分辨率小鼠肝脏发育图谱，证明了肝细胞与内皮细胞、星状细胞和Kupffer细胞协同作用的功能成熟，以及巨噬细胞群的短暂出现。这项研究提供了一个全面的图谱，涵盖了所有的肝细胞类型，并有助于进一步剖析肝脏发育、代谢和疾病。该文章在2022年2月7日发表在Developmental Cell，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
党参Codonopsis pilosula (Franch.) Nannf.是桔梗科多年生草本植物，以干燥根入药，主治脾肺气虚、食少倦怠、咳嗽虚喘、心悸气短、内热消渴等症[1]。在降低血压、提高免疫力、保护血管、改善微循环、增强造血功能等方面疗效显著[2-3]。党参多糖（conopsispolysaccharides，CPPs）是其发挥免疫活性的主要成分，主要由单糖及其衍生物组成，其生物合成主要由... 阅 读 全 部 >
今天和大家分享的是2020年3月发表在Frontiers in Genetics（IF：3.517)上的一篇文章，“Modulator-Dependent RBPs Changes Alternative Splicing Outcomes in Kidney Cancer”，文章中作者使用TCGA数据库中的肾透明细胞癌数据集，以MISO软件计算可变剪接事件的包含率，进一步通过构建调...阅读全文... 阅 读 全 部 >
转录组测序及分析报告项目信息合同编号：DEMO-2021-01-29-xx客户姓名：Client-name客户单位：Unit-address1. 分析流程1.1. 建库测序流程从RNA样品提取到最终数据获得，样品检测、建库、测序等每一环节都会直接影响数据的数量和质量，从而影响后续数据分析的结果。为从源头保证测序数据准确可靠，在数据的所有生产环节都严...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
做转录组分析时，我们通常会筛选差异表达基因进而对这些差异表达基因进行功能富集分析（下面简称常规富集分析）。不知道大家有没有遇到过以下情况：差异基因少而富集不出来感兴趣或相关的功能/通路，或者差异表达基因虽然很多，但是没有富集到感兴趣的通路或者GO功能？此时，可以试试GSEA分析。那么问题来了，GSEA是什么？全名Gene Set Enrichment Analysis，也就是基因集富集分析！GSE... 阅 读 全 部 >
在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？初步的生物信息分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数，P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷，不需要安装软件的在线分析工具：WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit。...阅读... 阅 读 全 部 >
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）即基因集富集分析，该方法最早于2005年由Broad Institute研究所发表在PNAS杂志上，并提供了对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库，截止到当前已被引用3万多次。通过KEGG、GO富集分析，我们能够获取差异基因显著富集的通路和功能，及其对表型变化的潜在作用。但无法帮助我们知晓某条通路下差异基因的总体变化趋...阅读... 阅 读 全 部 >
发表期刊：Plant Biotechnology Journal发表时间：2020年7月12 影响因子：8.1研究内容：棉花花芽分化研究对象：两个早熟品种，两个晚熟品种；每个品种6个时期研究方法：转录组测序研究题目：高分辨率时空动态转录组揭示陆地棉中GhCAL介导的开花调控途径前言陆地棉( Gossypium hirsutum L.) 是世界上最重要的纤维作物。在我国黄河流域和长江流域棉区，实现早... 阅 读 全 部 >
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