目前，二代测序技术(next-generation sequencing，NGS)凭借其高通量、高准确性与低成本的优势在基因组测序市场占据主导地位。该技术将基因组打断为小片段，在对每个片段进行测序后，生成一小段DNA序列，即读数（reads）。但是，这样的方法会导致基因组数据高度碎片化，产生不完整甚至错误的组装。近年来，对读长的更高需求加速了长读长测序（long-read ...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
哈佛大学和麻省理工学院近期发表了“High-throughput RNA isoform sequencing using programmable cDNA concatenation.”研究论文中，将 cDNA 串联成可用于长读长测序最佳的单分子的技术应用于肿瘤浸润 T 细胞的单细胞 RNA 测序,提高了寻找可变剪接基因的准确度，验证了 T 细胞中典型的 PTPRC 剪接模式...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
在过去几年中，长读长测序技术在通量和数据质量方面取得了显著进步，极大地促进了人们对人类基因组变异的理解。长读长测序能够读取重复和高GC含量的区域，对于生成真核生物多样性的参考基因组，以及绘制完整人类基因组端粒到端粒图谱至关重要。长读长测序的另一个优点是能够对难以或无法通过其他基因组测序方法识别的复杂结构变异（SV）和重复元件进行基因分型。人类单细胞全基因组测序（WGS）已成为一个热点研究领域，有助... 阅 读 全 部 >
一、引言细胞作为生命的基本单位，承载着遗传信息并执行着复杂多样的生物学功能。然而，细胞之间存在着显著的异质性，这种异质性不仅体现在细胞类型和状态上，还体现在基因表达模式和分子调控机制中。传统的基因表达分析方法，如基于群体细胞的RNA测序（bulkRNA-Seq），虽然能够提供整体的转录组信息，但却掩盖了单个细胞之间的差异。这种“平均化”的数据使得我们难以深入了解细胞间的复杂相互作用以及细...阅读... 阅 读 全 部 >
在当今的生命科学和临床等领域，基因测序技术扮演着越来越关键的角色。经过近50年的技术探索，测序技术已从最初的Sanger法，发展到NGS，再到SMRT和纳米孔等单分子长读长测序技术。相较于NGS等短读长测序技术，长读长测序技术因其能提供平均读长超过前者两个数量级以上的序列，为科学研究和临床应用提供更强大工具，极大地拓展了测序所能覆盖基因组范围以及能解读变异类型的范围，重新定义基因测序的可能性。因此... 阅 读 全 部 >
编者按：长读长测序技术由于在读长上所具备的优势，可以检测到结构变异、短串联重复，也可以检测到单体型，区分真假信息，同时还可以捕捉到其他复杂序列结构信息。随着准确性的提升，长读长测序的应用变得越来越广泛。那么当前使用者对长读长测序技术有哪些期望呢？长读长测序技术想要成为主导需要解决哪些问题呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。长读...阅读全... 阅 读 全 部 >
虽然短读长测序可准确地检测小变异，但对大STR、CNV和SV的检测灵敏度有限。长读长测序已被广泛用于人类基因组的从头组装和短读长测序未检测到的SV，但其在单碱基对（bp）分辨率上的准确性较低，这使得它们无法可靠地检测小于50bp的变异。为在基因组分析中满足对长读长和高准确性的双重需求， PacBio公司开发了兼具长读长和高准确度的HiFi长读长测序技术，使得长读长测序也适用于检测微小变异。荷兰马斯... 阅 读 全 部 >
编者按：近期，Nature Methods杂志发布了2022年年度最佳方法，长读长测序技术（Long-read sequencing）荣获这一荣誉。那么长读长技术在生命科学领域有哪些应用呢？又可以如何助力肠道研究呢？今天，我们共同关注长读长测序技术。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。① 长读长测序技术令生命科学领域的科学家们兴奋的是，测序仪输出的r...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
一、研究背景单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析细胞类型、状态和动态变化方面发挥着重要作用，但传统的短读长测序技术在全面表征RNA异构体方面存在不足。为克服限制，研究者们开发了单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq）技术，这是一种基于杂交捕获的方法，能够针对超过一千个感兴趣的基因进行靶向测序，显著提高了每个细胞中靶向转录本的中位数，为深入研究卵巢癌等疾病的转录组变异...... 阅 读 全 部 >
1. 超级增强子介绍超级增强子的概念于2013年由美国学者Richard A. Young及其团队首次提出。与调控范围通常在200-300个碱基对（bp）的普通增强子相比，超级增强子的显著特征在于其巨大的基因组跨度，通常可达8至20千碱基对（kb）甚至更长。 超级增强子区域结合多种转录因子，调控转录状态。超级增强子和普通增强子1.1 定义与发现发现历程：从普通增强子到超级增强子超级...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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