分类目录归档：科研&学习

2023
04-19

如何绘制“松针”状的进化树？

在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。(Naturecommunications, 2018)FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件，可生成发表级质量的图片。为了方便大家的安装使用，软件的安装包（包括Macintosh OS X、Win... 阅 读 全 部 >
2023
04-17

一文读懂进化树

声明：本文转载自“微生物生态”公众号，一个有干货的公众号系统发育树系统发育树（Phylogenetic tree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。1.系统发育树构建步骤2.多序列比对 系统发育树构建的第一步是进行多序列比对，常用的软件包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。（都很常用，就看哪个...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
04-17

更高级的重测序分析策略—CNV介绍及应用

前言拷贝数变异（copy number variation ,CNV）是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少，可分为缺失（deletion）和重复（duplication）两种类型。CNV是一种基因组结构变异，可通过改变基因剂量和转录结构等来调节有机体的可塑性，是个体表型多样性和群体适应性进化的主要遗传基础之一。在基因组中，CNV的变异形式主要包括单个片段的倍增、缺失和多次重复，其中，最常见..... 阅 读 全 部 >
2023
04-17

GWAS真的只有关联分析这么简单？

近年来，全基因组关联分析（Genome wide associationstudy，GWAS）在筛查和鉴定动植物重要经济性状的主效基因方面得到了广泛应用。GWAS关联精度高，研究周期短，已成为功能基因挖掘的重要手段。我们在看文献的时候一般会看到全基因组关联分析线性模型计算出的曼哈顿图和QQ图。那在关联分析之前，如何评估群体结构和亲缘关系？你知道么？图1 曼哈顿图和QQ图[1]今天我们就从GWAS入... 阅 读 全 部 >
2023
04-16

【技术干货】动植物GWAS经典软件TASSEL的使用

做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的，您想不想知道在您有了表型、基因型之后，怎么使用TASSEL进行关联分析呢？往下看吧，小编教你啊~先给软件的下载地址 ht...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
04-16

Admixture：一款快速分析群体遗传结构的软件

群体遗传结构(Structure)指遗传变异在物种或群体中的一种非随机分布。按照地理分布或其他标准可将一个群体分为若干亚群，处于同一亚群内的不同个体亲缘关系较高，而亚群与亚群之间则亲缘关系稍远。群体结构分析有助于理解进化过程，并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。一般进行群体分析所使用的软件为STRUCTURE，但是STRUCTURE的运行速度较慢，如今Admixture凭借其高速... 阅 读 全 部 >
2023
04-16

Microorganisms：比较基因组和生理分析揭示某细菌是人类肠道微生物群非典型脱氧胆酸的产生者

作者：微生态编译：微科盟中元，编辑：微科盟茗溪、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读人类肠道中有胆汁酸7α-去羟基细菌，通过bai操纵子编码的酶从宿主来源的胆汁酸中产生次级胆汁酸，如脱氧胆酸(DCA)。虽然最近的宏基因组研究表明，这些细菌是高度多样化和丰富的，但DCA生产者很少被确认。本文研究了20世纪80年代从人类粪便中分...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
04-15

WGCNA中的eigengene有什么重要意义呢？

经过软阈值确定，TOM矩阵计算，层次聚类和动态切割后，我们获得了一些基因模块，每个模块里面都可以看成是有共同目的的团伙。为了方便后面纷至沓来的相关性分析，尤其是跟性状的联合分析，现在需要选取出每个模块中的代表人物。这个过程就是寻找每个模块的eigengene(读音: 爱根金)这样，模块信息就变成了，行是eigengene，列是样本的矩阵了，十分简化。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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