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Bioconductor：助力你的生物信息学研究
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
作者：Carson 数据分析师，R语言中文社区专栏作者。知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/carson-0814数据源：朝阳医院2016年销售数据分析指标：1、月均消费次数；2、月均消费金额；3、客单价；4、消费趋势打开excel数据源，数据的基本字段如下：一、将excel数据源导入R中二、对数据进行预处理“数据是一件麻烦的事——一件非常非常麻烦的事。”，数据分析工作... 阅 读 全 部 >
作者：yhat大约3年前我开始使用R，起初进展很慢，与我习惯的语言相比，语法更加直观也比较简单，而且需要一段时间才能习惯于细微的差别。我还不清楚语言的力量与社区和各种包的密切关系。和其他语言（比如Python和Java）相比，R可以更模糊和麻烦。好消息是，有大量的包可以在R基础库上提供简单和熟悉的界面。这篇文章是我喜欢和每天使用的10个包，并且我希望自己能早些知道他们。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
先用几个问题检验一下你是否需要看这篇文章dplyr包中如何批量筛选变量做汇总计算，知不知道有summarise_all at 这类函数reshape2包中的融合重铸和分组计算有什么关联tidyr 包的使用Hadley 大神本文介绍数据处理上的其他方面，和上一篇文章合在一起就可以组成处理数据的一个完整的系统。本文目录如下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
《R语言实践》专栏·第10篇 文| RUser 1671字 |4分钟阅读【R语言】开通了R语言群，大家相互学习和交流，请扫描下方二维码，备注：姓名-R群，我会邀请你入群，一起进步和成长。本文收录一些ggplot2包画图相关的 主题函数，使用这些主题相关函数，可以美化你的图形，让图形的风格更加优雅。幸运的是，已经有很多设计和构建好的主题供我们使用，我们只需要在自己的图形上，选择适合自己主题即可。 这... 阅 读 全 部 >
taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/library(ggplot2)#使用数据集mtcars演示ggplot(mtcars)+ geom_point(aes(wt, mpg), color="red")+geom_text(aes(wt, mpg, label=rownames(mtcars)))+theme_cl...阅读全... 阅 读 全 部 >
ggplot2 Extension“ggplot2 自从2007年推出以来，成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于 ggplot2背后的哲学 。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书，在此书中将 graphs分解成 scales和 layer...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
使用R语言clusterProfiler包进行KEGG富集分析（有参分析）我们在前面的视频教程中，为大家讲述了GO、KEGG富集分析的基本原理，并展示了如何使用DAVID进行GO富集在线分析的过程，详情请添加微信公众号查看“没想到基因GO富集分析这么简单”。本节继续以R语言clusterProfiler包中的方法为例，展示如何进行KEGG富集分析。下文使用的测试数据和R代码等，可添...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络、生物系统组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。进行富集分析的软件有很多，本篇主要安利一下cluster... 阅 读 全 部 >
随着技术的进步和革新，高通量的数据越来越容易，在SCI文章中也越来越重要。不管是转录组学还是蛋白质组学，对分析得到的差异分子进行聚类，最先想到的，必然是GO富集分析。GO富集分析在很多文章中都成为Figure的一部分，一张好看的GO分析图，是可以给数据加分的。在此，小编在此给大家分享最常见的GO分析图的绘制，保证手把手学会哟。壹软件运行准备Prism和excel，小编用的是Prism 8版本，以及... 阅 读 全 部 >
之前介绍了如何通过使用GDCRNATools这个包构建ceRNA网络，可以说整个过程非常简单和明了，对于我们学医的小朋友来讲，是个极好用的工具。但是这个包除了构建网络以外，还有很多附加的功能。要知道一篇ceRNA的文章，不单单只有那张网络图而已，还需要其他内容进行修饰和填充。那我们来看看这个包到底还有哪些功能？前两期链接：一这三条代码产生了下面几张图，具体就不解释了，一看就知道哈二输入上述的代码，... 阅 读 全 部 >