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基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
很忙，很久没有写文章。学习R绘图，这些都是我的兴趣爱好，并非我大的主业。也被我朋友说了很多次，别做这些没用的，既不能带来实际的收益，又耽误正事的时间。但是我可能对绘图有着某种浓烈的兴趣吧，所以总是抽出时间来瞎捣鼓这些。所以今天跟大家分享一个最近无意中实现的对于R-ggridges包的改进。ggridges包有一个很惊艳的函数geom_density_ridges_gradient（）可以绘制多数据... 阅 读 全 部 >
作者：伊莲小小小小仙女，R语言中文社区专栏作者。个人公众号：MeMyselfandYou这篇文章大概在好几个月前就存在在脑海中。最开始是看了《迟到的情人节礼物：做一个与她微信聊天的词云吧》，觉得作者写的很好玩，那个时候因为工作的原因刚开始学习R语言，一窍不通，我就想着那就用R学着同样分析一遍好了，应该能收获不少。于是，我开始分析和男友的微信聊天记录，只不过正如原文作者所说，分析着，情人节变情人劫怎... 阅 读 全 部 >
Graphlan可视化进化树撰文：文涛 南京农业的大学责编：刘永鑫 中科院遗传发育所GraPhlAn简介总体来讲，Graphlan是一个可视化进化树和基于分类等级绘制层级分类树的工具。可以制作分类树是它不同于R包ggtree和iTOL的地方。然就进化树而言，iTOL功能最为全面，ggtree最容易上手，从功能上来讲graphlan很多地方不如iTOL，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
OS论坛专栏叮咚。“OS论坛专栏”上线了，我们将定期挑选OS论坛（网址：www.omicshare.com/forum）的优质内容分享给大家，如代码贴、实用工具分享、软件教程、文献解读等等，给论坛优质内容更多曝光机会，欢迎大家前往OS论坛投稿~，今天推荐论坛入驻网友“生信补给站”的一篇帖子（原帖链接：https://www.omicshare.com/forum/thread-6269-1-1.h... 阅 读 全 部 >
相信各位在肝图表写论文时，一定都会思考：这张图表用啥颜色？论文整体配色搭配怎么把控才好看？毕竟高分期刊大牛文章的共通点，除了论文精彩，整体配色也十分具有吸引力。许多在线配色/提取颜色的工具效果不错，通过下载大牛文章使用PS、AI等直接“偷色”也不是难事。如今即便自己缺少美学灵感，但仍可以做到轻松获取出彩的配色方案。有兴趣可参考往期推文： 《作图颜色调得好，高分文章跑不了！》 、 《如何“偷走”..... 阅 读 全 部 >
测序行业的蓬勃发展，带来微生物组学日新月异的变化。目前，单一组学的文章不断“贬值”，前沿研究的目光从单一组学逐步拓展至多组学对贯穿分析，即结合多个组学的分析角度，从多个层面阐述生物学机制。微生物多组学贯穿分析策略十分丰富：如常见的16s与宏基因组贯穿分析，可以验证物种的特征、丰富功能的探究；而16s与代谢组的贯穿分析思路同样常见于高分文章中，通过16s探究不同处理/环境下菌群的物种组成变化，结合代... 阅 读 全 部 >
说到相关分析，我们都知道是用来观察变量之间相关性的一种分析方法，而得出的结果很难用表格形象展示，这个时候我们的相关性图形就派上了用场，那么接下来为大家介绍R语言情景下用mtcars数据集和corrplot包绘制相关性图形的方法：mtcars数据展示mtcars数据说明：数据的第一列为各种汽车型号，后续数据为汽车的多个性能参数。在相关性计算函数cor()中有三种算法来计算相...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
作者:杜雨，EasyCharts团队成员，R语言中文社区专栏作者，兴趣方向为：Excel商务图表，R语言数据可视化，地理信息数据可视化。个人公众号：数据小魔方（微信ID：datamofang） ，“数据小魔方”创始人。关于配色的话题，已经聊过很多次了，但是就像是之前说过的，对于图形可视化而言，配色决定着作品的“颜值”,谈再多次都不嫌多。今天是R语言配色系统综合篇的上篇（当然是有下篇啦，下...阅读... 阅 读 全 部 >
最初小编是在“A genome-based model for adjusting radiotherapy dose (GARD): a retrospective, cohort-based study”这篇文章中看到的一个图。它形似一张提琴图，展示了来自不同类型疾病患者个体的GARD得分的分布，图中红色点代表了中位数。但与常规提琴图不同的地方在于，提琴图中还添加了密度信息，即...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
之前我们分享过R语言绘制热图（），用的是pheatmap包。其实画热图还可以用heatmap函数、ggplot2包、gplot包、lattice包来画，惊呆了吧~~今天我们就分别来说说这5个R包画热图的方法。先从heatmap函数说起。一、heatmap函数heatmap(temp,col=colorRampPalette(c("green","black","red"))(12),C...阅读全... 阅 读 全 部 >