2022
10-04
10-04
高通量生信分析结果报告（微生物）
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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NAT网关实现跨网段访问与设备统一管理
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Nat、端口映射、内网穿透有什么区别?
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服了！网络地址转换NAT的重点终于有人讲明白了……
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-04
10-04
易基因｜干货：手把手教你做RNA m5C甲基化测序分析（RNA-BS）
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲m5C RNA甲基化重亚硫酸盐测序测序（RNA-BS）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。一、m5C RNA甲基化测序（RNA-BS）技术原理m5C 是 RNA 百余种修饰中研究较多的⼀种。m5C 存在于 tRNA 上时，可以对翻译进⾏调节；存在于 rRNA 上时，可以...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
10-04
10-04
全基因组测序分析
全基因组测序（Whole Genome Sequencing），简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。所谓全（Whole），指的就是把物种细胞里面完整的基因组序列从第一个DNA开始一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来并排列好。因此这个技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。这种从头测序和组装通常应用于没有参考基因组可用或可用参考质量较差的生物体。之前未测序的基因组...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
10-04
10-04
PCR原理 | PCR分类 | 引物设计方法详解剖析
最早接触PCR是在做科创和本科毕业论文相关实验的时候，通过扩增野生型菌株和突变体菌株的某个基因，然后通过AS-PCR方法，设置温度梯度，筛选一对能够区别S和M菌株的特异性引物。那个时候对PCR有一个大概的影响，其实在操作方面是没什么问题的。但是仔细想起来，和其他实验一样，都是一知半解，对PCR亦是如此。因此，我觉得有必要重新学习一下PCR相关的各种技术和原理。第一部分——PCR原理及各种衍生技术【... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
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我也想有“测序一次香几篇”的全转录组数据
偶然听说别人做的转录组和你知道的那个mRNA测序不太一样，都是转录组，他们好像讨论的是lncRNA、miRNA、cricRNA，这么多种类的RNA数据，竟然还是测一次就都有的了，怎么办到的？这其实做的是全转录组测序。全转录组是特定细胞在某一状体下所有转录产物的集合，就包括了上述提到的编码和非编码RNA等。大家都不是小孩子了，基迪奥知道你也想全都要。在你着急送样马上想有全转录组数据之前，先来了解一下... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
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一文看懂RT-qPCR
起始材料：RNA定量逆转录PCR（quantitative reverse tranion PCR, RT-qPCR）是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。 在该方法中，总RNA或信使RNA（mRNA）首先通过逆转录酶转录成互补DNA（cDNA）。随后，以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR已被用于多种分子生物学的应用中，其中包括基因表达分析、RNA干...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
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科研绘图-配色指南
好的图形展示方式能够简明扼要地表达数据，而好的配色一方面能够突出数据的重点，另一方面能够使所有的数据和谐共存。好的配色是图的二次进化，能够赋予图片“生命”。1，日常生活中使用的颜色日常生活中，我们经常提到各种颜色，例如赤橙黄绿青蓝紫，中国红，香蕉黄等，一般用来定性描述物体的颜色属性，不够精确，例如，红色，是红绿灯的红色，还是苹果的红色？所以一般不在科技论文中使用。2，RGB配色方案最常用的颜色方案... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
10-03
单细胞分析大揭秘！基因集富集，你做对了吗？
Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
10-03
R语言矩阵相关性计算及其可视化？
目录1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test psych::corr.test Hmisc::rcorr 其他工具 2. 相关性矩阵转化为两两相关 3. 可视化 corrplot gplots::heatmap.2 pheatmap 1. 矩阵相关性计算方法base::cor/cor.testR基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数，但cor可直接计算矩阵的...... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
10-03
深度丨高通量测序数据格式演化简史-nfo文件
关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >