2023
04-20
04-20
遗传进化知识小课堂
系统发育树系统发育树（phylogenetic tree），又称系统发生树、演化树、进化树、系统树、系统演化树、种系发生树等。表明被认为具有共同祖先的各物种之间的演化关系树形图，用来描述物种之间的分类和演化关系。自达尔文时期，很多生物学家希望用一棵树的形式，描述地球上各个物种的演化史。最理想的方法，就是采集各个物种的化石（直接证据），基于化石信息构建系统树。但是最大的缺点就是化石零散、不完整，甚至... 阅 读 全 部 >
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NAT网关实现跨网段访问与设备统一管理
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Nat、端口映射、内网穿透有什么区别?
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服了！网络地址转换NAT的重点终于有人讲明白了……
系统发育树系统发育树（phylogenetic tree），又称系统发生树、演化树、进化树、系统树、系统演化树、种系发生树等。表明被认为具有共同祖先的各物种之间的演化关系树形图，用来描述物种之间的分类和演化关系。自达尔文时期，很多生物学家希望用一棵树的形式，描述地球上各个物种的演化史。最理想的方法，就是采集各个物种的化石（直接证据），基于化石信息构建系统树。但是最大的缺点就是化石零散、不完整，甚至... 阅 读 全 部 >
2023
04-20
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FigTree构建进化树（柱状）教程
一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用... 阅 读 全 部 >
2023
04-19
04-19
分化时间分析—beast2软件介绍
分化时间，当前宏观进化分析的一个热点，以某一特定类群的化石记录作为参照点，通过基因序列间的分歧程度以及分子钟来估计速率恒定分支间的分歧时间，同时计算系统发育树上其它节点的发生时间，从而推断相关类群的起源时间和不同类群的分歧时间。在这里有一个重要概念，分子钟：一个特定的生物大分子（蛋白质或DNA）在所有的演化谱系中具有恒定的演化速率。其中，演化谱系指不同类群。目前进行分化时间分析的软...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
04-19
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如何绘制“松针”状的进化树？
在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。(Naturecommunications, 2018)FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件，可生成发表级质量的图片。为了方便大家的安装使用，软件的安装包（包括Macintosh OS X、Win... 阅 读 全 部 >
2023
04-17
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一文读懂进化树
声明：本文转载自“微生物生态”公众号，一个有干货的公众号系统发育树系统发育树（Phylogenetic tree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。1.系统发育树构建步骤2.多序列比对 系统发育树构建的第一步是进行多序列比对，常用的软件包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。（都很常用，就看哪个...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
04-17
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更高级的重测序分析策略—CNV介绍及应用
前言拷贝数变异（copy number variation ,CNV）是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少，可分为缺失（deletion）和重复（duplication）两种类型。CNV是一种基因组结构变异，可通过改变基因剂量和转录结构等来调节有机体的可塑性，是个体表型多样性和群体适应性进化的主要遗传基础之一。在基因组中，CNV的变异形式主要包括单个片段的倍增、缺失和多次重复，其中，最常见..... 阅 读 全 部 >
2023
04-17
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GWAS真的只有关联分析这么简单？
近年来，全基因组关联分析（Genome wide associationstudy，GWAS）在筛查和鉴定动植物重要经济性状的主效基因方面得到了广泛应用。GWAS关联精度高，研究周期短，已成为功能基因挖掘的重要手段。我们在看文献的时候一般会看到全基因组关联分析线性模型计算出的曼哈顿图和QQ图。那在关联分析之前，如何评估群体结构和亲缘关系？你知道么？图1 曼哈顿图和QQ图[1]今天我们就从GWAS入... 阅 读 全 部 >
2023
04-16
04-16
欧洲银桦基因组登上Nature genetics
最近随着三代测序的火热，纯三代的基因组文章也遍地开花！技术的提升必然带来的基因组质量的提升，但是对做研究而言，最终还是得落到物种自身。下面这篇文章告诉你，没有熊猫血，怎么关注爆表。本文稿也将从项目专业角度来剖析欧洲银桦的NG之旅！研究背景森 林生态系统保有高份额的北半球生物多样性。北方森林大约占到全球森林的30%，且在各气候带中拥有最高的树木密度。此外，北方区域正在经历广泛的气...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
04-16
04-16
【技术干货】动植物GWAS经典软件TASSEL的使用
做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的，您想不想知道在您有了表型、基因型之后，怎么使用TASSEL进行关联分析呢？往下看吧，小编教你啊~先给软件的下载地址 ht...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
04-16
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分享8个非常实用但是名气不大的软件
分享8个非常实用但是名气不大的软件1、uToolsuTools是一个非常强大的生产力工具箱软件，它自由集成了丰富的插件，可以快速匹配场景功能，用完即走。uTools优秀的插件化设计，让你可以自取所需，任意组合。插件一般仅数百KB大小，简洁美观、没有广告，解决你问题的，一个插件即可。uTools作者将此软件设计为”一切皆插件“的插件化工具，所有的功能均可通过插件实...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >