「技术干货」在Linux中安装部署ZeroTier虚拟网络
使用ZeroTier快速组建SD-WAN网络，自行搭建Moon月亮服务器
贝锐蒲公英挑战ZeroTier、TailScale，异地组网新选择：直连高速不限速！
载请：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序，或称下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）方法在研究中的运用已经很广泛了，它能产生非常丰富的信息量，有助于探索几乎所有性状、疾病的遗传学特征，已经对许多疾病的研究都做出了贡献。但放下研究者的满腔热血，还是要冷静地想，这种方法并不是没有偏倚，不恰当的设计仍然会带来错误的结论。要避免偏倚则要从研究设计阶段就做好控制，..... 阅 读 全 部 >
近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
组装是宏基因组分析中最重要的一环，它直接影响着后续基因集的构建、功能分析及物种注释等的分析结果。小锐使用一个大约12G的土壤样本，测试了SOAPdenovo、megahit和metaSAPdes三个组装软件的组装性能。到底谁能胜出？请随着小锐一步一步来探个究竟。1软件安装SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始RAN-seq数据入手，先经过质控fastqc，之后检测rRNA占比，去除杂的reads之后进行数据处理；使用HISAT2将读段匹配到参考基因组上,可提...阅读全... 阅 读 全 部 >
宏基因组（Metagenome）和宏转录组（Metatranscriptome）是通过鸟枪法测序技术（Shotgun sequencing），结合全微生物组关联分析（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）的策略，分别从DNA/RNA水平，全面精细地展示整个微生物群落的物种组成谱、功能代谢谱、表达谱，进而从原理上阐明微生物群落在生态系统中发挥...阅读全文... 阅 读 全 部 >
案例在手，思路不愁！今天继续为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1：原名：Microbiome-metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease译名：微生物-代谢组学揭示了肠道-肾轴对肾脏疾病的贡献期刊：Journal of Translational M...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
扩增子和宏基因组数据分析实用指南A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome dataProtein Cell [IF: 10.164]DOI: https://doi.org/10.1007/s13238-020-00724-8Review: 2020-5-11第一作者：刘永鑫1,2,3, 秦媛1,2,3... 阅 读 全 部 >
在前两期的推送稿中，我们为大家介绍了宏基因组组装的基本原理和操作。基于组装序列，我们可以实现基因预测、物种注释、功能注释等相关分析，从而研究微生物菌群结构、菌属功能及作用机制。因此，本期我们将从基因预测的原理和操作两个部分出发，为大家介绍基于组装序列的基因预测。1基因预测原理宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于... 阅 读 全 部 >