2025
09-03
09-03
ROSE 软件挖掘「超级增强子」实战与代码分享
一、ROSE 软件是什么？ROSE（Rank Ordering of Super-Enhancers）由 MIT Richard A. Young 实验室开发，是目前引用率最高的超级增强子预测工具。rose软件下载地址：https://bitbucket.org/young_computation/rose/软件分析原理：先用 H3K27ac（或 ME...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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一、ROSE 软件是什么？ROSE（Rank Ordering of Super-Enhancers）由 MIT Richard A. Young 实验室开发，是目前引用率最高的超级增强子预测工具。rose软件下载地址：https://bitbucket.org/young_computation/rose/软件分析原理：先用 H3K27ac（或 ME...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2025
07-11
07-11
超级增强子：基因调控的"黑匣子"
1. 超级增强子介绍超级增强子的概念于2013年由美国学者Richard A. Young及其团队首次提出。与调控范围通常在200-300个碱基对（bp）的普通增强子相比，超级增强子的显著特征在于其巨大的基因组跨度，通常可达8至20千碱基对（kb）甚至更长。 超级增强子区域结合多种转录因子，调控转录状态。超级增强子和普通增强子1.1 定义与发现发现历程：从普通增强子到超级增强子超级...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
03-02
03-02
人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解
这期内容当中小编将会给大家带来有关人和小鼠中的超级增强子数据库dbSUPER该怎么理解，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。dbSUPER是超级增强子数据库的开山之作，文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
03-01
03-01
SEdb:超级增强子数据库简介
增强子作为基因组上的顺式作用元件，在调控网络中发挥重要作用。随着研究的不断深入，科学家提出了超级增强子super-enhancer的概念，将基因组上富集了增强子的区域定义为超级增强子。类似于将富集CpG位点的区域定义为CpG岛，这种将富集某种元件的区域单独定义并进行研究的思想在生物学领域非常常见，体现了不同元件功能层次的多样性，由单个位点到一组位点，这种功能研究的层次性也对应了生命...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
03-01
03-01
超级增强子鉴定技术
超级增强子概念 超级增强子 (Super enhancer, SE) 是一类具有超强转录激活特性的顺式调控元件，2013年由美国学者Richard A. Young首次提出。与普通增强子 (Typical enhancer, TE) 相比，超级增强子区域跨度范围通常可达8~20Kb，远高于普通增强子...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2022
11-19
11-19
Enhancer 与 Super-enhancers
1. Enhancer 与 Super-enhancers1.1. 增强子（Enhancer）所谓增强子（Enhancer），位于结构基因附近，是一类非编码DNA顺式作用元件，在真核生物的发育过程中通过结合转录因子、辅因子以及染色质复合物作用于启动子，可以激活或增强基因的转录。简单说：增强子是能够增加启动子活性从而增加基因转录频率的DNA序列。图1. 增强子及复合物...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
