2022
10-02
10-02
前世今生 • BSA 终章
原文Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.PerspectivesBSA既有前面讨论的一些优势，也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
分类目录归档：科研&学习
原文Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.PerspectivesBSA既有前面讨论的一些优势，也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-02
10-02
什么是“SNP-index”？| 群体遗传专题
SNP-index这个词，作为BSA的最常用的核心算法，给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化，可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果：上图中，第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果，第三行是两个子代池的△SNP-index的结果。通过第三行我们可以看出，QTL被... 阅 读 全 部 >
2022
10-02
10-02
简化基因组+重测序鉴定控制鸡多趾性状的基因
5月10日，《Plos One》杂志（最新影响因子： 3.057）在线发表了派森诺与上海交通大学合作的简化基因组+重测序项目的一篇文章。下面，小编就来分享一下该文章的内容。研究背景多趾，即趾头数目过多，是脊椎动物中常见的一种遗传性肢体异常。鸡常见趾型为四趾，多趾畸形一般为额外多一个拇趾在一边或两边脚趾。研究目的前人利用混池测序性状定位（BSA）、连锁分析和全基因组关联分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
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超适合小白！Linux 之 shell 编程入门
来自：一口Linux一、变量的运用1. 变量命名界说变量时，变量名不加美元符号（$，PHP言语中变量需求），如：your_name= "yikoulinux"留神，变量名和等号之间不能有空格，这或许和你了解的悉数编程言语都不相同。一同，变量名的命名须遵从如下规矩：命名只能运用英文字母，数字和下划线，首个字符不能以数字开端。中心不能有空格，能够运用下划线（_）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
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干货|原来用GEO数据挖掘还可以这样完整复现一篇SCI
你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧！复现？怎么复现？先来看一下某乎上的回答。有道理有道理，感觉也不是很难的样子对不对，聪明的智商又重新占领高地了，此刻我就是华佗再世扁鹊附体，复现没在怕的，摩拳擦掌，跃跃欲试，开整！结果一顿操作猛如虎，代码也写了，夜也熬了，怎么和我想象中的不一样！！！e...... 阅 读 全 部 >
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生信人必会！你知道如何下载ENA 数据库的数据吗？
生信实操ENA数据库：European Nucleotide Archive，隶属European Bioinformatics Institute, 功能类似于SRA, 对每个研究产生的数据做了详细注解，主要优势：界面简介友好，直接以表格呈现，且可直接得到原始数据文件的下载地址，并且不用花时间做fastq数据文件的转换，对有数据需求的研究人员来说这是个数据再次挖掘的金库。列举下生物数据的...阅... 阅 读 全 部 >
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不看后悔！GEO数据库10X单细胞测序原始测序测序数据（fastq）下载指南来啦
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
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10-01
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双荧光素酶实验
一、实验原理利用荧光素酶与底物结合发生化学发光反应的特性，把感兴趣的基因转录的调控元件克隆在萤火虫荧光素酶基因（firefly luciferase）的上游， 构建成荧光素酶报告质粒。然后转染细胞，适当刺激或处理后裂解细胞，测定荧光素酶活性。通过荧光素酶活性的高低判断刺激前后或不同刺激对感兴趣的调控元件的影响。同时，为了减少内在的变化因素，比如：培养细胞的数目、细胞转染和裂解的效率等对实验准确..... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
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知识分享：Cre-loxP重组系统
一．Cre-loxP重组系统作用原理1. Cre重组酶和loxP位点Cre重组酶（Cyclization Recombination Enzyme）由大肠杆菌噬菌体P1的Cre基因编码，是由343个氨基酸组成的38kD的蛋白质。它不仅具有催化活性，而且与限制酶相似，能够特异性识别loxP位点。LoxP（locus of X-overP1）位点长为34bp，包括两...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
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10-01
ChIP-seq和ATAC-seq基础知识（视频）
前言：后天我们的多组学文献精读会分享一篇有关 染色质可接近性的文章，考虑到大部分人可能对其中的一些概念还不了解，所以今天我们就来提前学习一下有关ChIP-seq和ATAC-seq的一些基础知识。（视频讲者：张健教授团队张月明）主要内容启动子、增强子的概念什么是基序（motif）什么是染色质可接近性什么是组蛋白修饰研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >