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Bioconductor：助力你的生物信息学研究
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
在这个信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息，对我们每个人，尤其是科研人而言，尤为重要。在免疫学，医学，药学科研和工作中，我们常常会用到蛋白数据库，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天给大家分享讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。希望能对你们有所帮助~下面，菲小恩以研究得比较多的 IL-6为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
今天给大家介绍一个数据库：UniProKB数据库（网址http://www.uniprot.org）。这个数据库对于查询蛋白质相关信息还是很全面的。比如我们想要查询人类p53蛋白的主要功能、结构域、翻译后的修饰和参与的代谢途径，以及与它相互作用的蛋白和疾病这些信息，打开这个网站，输入p53，点击查询。网页左侧会显示出这个蛋白最常见的物种，我们选择物种是human的p53。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
随着生物科技的迅速发展，每天都会有海量的生物学数据产生，如何有效的分析这些“生物学大数据”？生物信息学的应用变得尤为重要，在生物领域从基因测序，到基因编辑，再到基因疗法的精准医疗，由生物科技引发的又一场变革正悄然而至。试问大家做好准备迎接它到来了吗？本次分享的主题为：如何快速获取海量数据？我们就从物种的DNA或蛋白质序列说起，在我们的科学研究中下载序列是一件简单不过的事情，无非就是...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
对于本来就没有多少时间做科研的医学生来说，拿到导师布置的课题时总是如履薄冰，因为导师总是一字千金，就简简单单说一句你去研究什么什么蛋白的功能，而后所有的背景知识都需要自己去查，如何才能快速的掌握自己需要研究蛋白的全部知识呢？今天笔者拿出多年的珍藏，给大家分享一个超好用的数据库SMART。进入SMART数据库，网址为http://smart.embl-heidelberg.de/.进入网站首页，可以... 阅 读 全 部 >
文章信息文章：An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics期刊：Nature Communications组学技术：scRNA-seq、mass spectrometry-based proteomics、bulk RNA-seq材料：scRNA-s...阅读全... 阅 读 全 部 >
来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位。组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
载请：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序，或称下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）方法在研究中的运用已经很广泛了，它能产生非常丰富的信息量，有助于探索几乎所有性状、疾病的遗传学特征，已经对许多疾病的研究都做出了贡献。但放下研究者的满腔热血，还是要冷静地想，这种方法并不是没有偏倚，不恰当的设计仍然会带来错误的结论。要避免偏倚则要从研究设计阶段就做好控制，..... 阅 读 全 部 >
近年的研究热点集中于环境和生物体相互作用的微生物群体，而大量复杂的微生物群体存在培养困难，构成复杂（包括细菌、古菌、真菌、原生生物、病毒甚至小型真核生物）。因此如何用高通量精准的了解这些群体的构成，基因功能分布以及具体的表达活性和代谢状况成为首要问题。高通量测序技术的发展，让我们可以不经过培养，一次性了解微生物群落构成甚至基因代谢组成。随着技术的进步，检测方法也逐渐丰富，对应的分析...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
组装是宏基因组分析中最重要的一环，它直接影响着后续基因集的构建、功能分析及物种注释等的分析结果。小锐使用一个大约12G的土壤样本，测试了SOAPdenovo、megahit和metaSAPdes三个组装软件的组装性能。到底谁能胜出？请随着小锐一步一步来探个究竟。1软件安装SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >