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2023
06-18

使用R语言的正确姿势，R包干货奉献

来源 | R友舍先思考，后动手，能让你减少很多无谓的功夫，加快完成任务的效率。按照一定的逻辑思路来行事，更是如此，比如按照一定的通用流程在数据科学项目中使用R语言。数据导入数据整理数据可视化数据转换数据建模统计推断【下面列出每个步骤最有用的一些R包】1.数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据：·feather：一种快速，轻量级的文件格...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-18

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

【生物信息学笔记】欧洲生物信息中心（EBI）资源

我们接着讲生物信息学的资源，之前我们介绍了NCBI，欧洲也有一个非常大的centralized resource，叫EBI 。和NCBI有点类似，也是一个包含各种各样数据库这样的资源，它主要也是针对从序列到蛋白到蛋白结构到表达到通路到Ontology各个方面。首先在DNA，RNA和蛋白的方面，基因和基因组最主要是有一个ensembl，很多人不知道EBI也会知道ensemb...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

群体遗传进化必备小知识

群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。其应用数学和统计学方法研究群体中基因频率和基因型频率以及影响这些频率的选择效应和突变作用，研究迁移和遗传漂变等与遗传结构的关系，由此探讨进化的机制。今天小编与大家沟通学习总结一下群体进化的15个小知识。01群体：是指生活在一定空间范围内，能够相互交配并生育具有正常生殖能力后代的同种个体群。群体与个体相对，是个...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

【Science/Cell Sys】背靠多组学大数据 科学家设计更加“智能”的细胞疗法

导言：寻找既能杀死癌细胞又能使正常组织毫发无损的疗法是肿瘤学研究的“圣杯”。近年来，虽然细胞免疫治疗取得了长足的发展，然而实现对癌细胞的精准靶向仍然具有挑战性。近期，在两篇新的论文中，加州大学旧金山分校和普林斯顿大学的科学家们提出了一些互补的策略，用“智能”细胞疗法来解决这一问题。在9月23日发表于的《Cell System》的论文中，研究人员利用机器学习算法，分析了癌细胞和正常细胞中数...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

热点综述 | 基于人工智能的多组学分析助力癌症精准医学研究

AI & 癌症研究多组学技术和人工智能算法的同步发展推动了癌症精确医学的发展。2023年1月《 Seminars in Cancer Biology 》发表了一篇综述文章， 全面总结了基于人工智能的多组学肿瘤分析的最新进展，重点介绍了基于人工智能的多组学技术在癌症诊断、分类、早期筛查、反应评估和预后预测方面的应用。多组学技术随着高通量生物技术的发展，已经开发了多种组学技术来表征不...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

Nature重磅综述 | 利用组学大数据评估人的生物学年龄

机器学习的兴起为大数据时代掀起新的浪潮。机器学习是人工智能的一个子集，通过泛型算法从数据集中发现模式和相关性并建立逻辑，并根据数据分析结果做出最佳决策和预测。目前机器学习已大量应用于各行各业，助力各产业或科学研究的深度提升。美国加州斯坦福大学的Tony Wyss-Coray团队于2022年6月在Nature Reviews Genetics上发表的一篇名为“Measuring biolo...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
06-17

R语言学习笔记之热图绘制

作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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