生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在Apps...阅读... 阅 读 全 部 >
说在前面此前我们已经推送了不少深入解读的文章，今天希望做一点新的尝试——介绍 R 语言绘图。这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。什么是 R 语言？R 语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。我之所以学 ..... 阅 读 全 部 >
学会这3张图，搞定数据质控So easy嗨，小伙伴们大家好~！上期我们讲到数据质控的重要性，即在表达差异分析之前需查验数据质量是否合格，如下面3张图所示，热图、PCA图和聚类树的结果均表示实验组和对照组分开的比较好，数据质量可。那么这期我们就接着这个话题，来看看如何绘制这3张图，搞定数据质控问题So easy！▌加载示例数据加载基因表达谱和样本信息文件，gene exp res是已完成基因...阅... 阅 读 全 部 >
热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
全文注释# 示例参考帮助文档# 我用Rstudio重现了所有示例# 初识R语言，请戳我的原创推文“”与“”# 使用Stata绘图，请戳我的原创推文“”# 本文以字母顺序排序程序包# 更多用于R语言绘图的程序包，欢迎在留言区补充cartogram扭曲的地图，以传达统计信息开发Sebastian Jeworutzki，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
这次我们来个GC含量的圈图，同样的，我在这里也会描绘出各种GC含量圈图的画法，开开眼界。GC含量图在基因组circos图中算是非常有分量的，各种GC含量圈图的表达形式6的飞起。下面开始画几种类型的GC圈图。首先，加载circlize R包library(circlize)读入染色体数据和GC含量数据data<-read.table("chrom.txt",head=T,stringsAs..... 阅 读 全 部 >
ComplexHeatmap是 Zuguang Gu博士开发的一款可以绘制复杂热图的一个包，即可实现简单热图的功能，更能绘制更复杂的热图。复杂的热图有效地可视化不同数据集源之间的关联并揭示潜在模式。 ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图并支持各种注释图形。技术小编之前对这个包做过简单介绍（ 如何让你的图变得高大上之COMPLEXHEATMAP ），这次介绍两个简单实... 阅 读 全 部 >
一、引言生物信息学是信息与系统科学和生命科学高度交叉的前沿学科，是自动化学科群中的重要部分，包括计算生物学、系统生物学与合成生物学等方向。生物信息学涉及多个学科领域，信息、控制与系统的理论、方法和技术在其中发挥着重要作用，同时，它也把控制科学与工程的研究对象从机械、电子、物理、化学等系统扩展到了以分子和细胞为基本元件的生命系统。本专题报告从信息科学视角对 2013 — 2017 年我国在生物信..... 阅 读 全 部 >
编者按热图：通过热图可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带来优雅地表现，最终效果一般优于离散点的直接显示，可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低。你还不会画热图吗？不管您是做蛋白组学、代谢组学或者多层组学研究。热图是文章里常见的图，色彩变化丰富的热图为文章亮色不少。热图可以说是生信中最为常见的图形可视化方式，用以展现表达分布模式。热图可以用于解决组学研究的什么问题？根据...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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