分类目录归档：科研绘图

2022
10-07

如何使用R软件识别并移除离群值？

目录1.离群值的基础知识1.1 为什么需要关注离群值outliers？1.2 什么是离群值outliers2. 离群值的可视化2.1用Boxplot来可视化离群值（Outliers）2.2 另一种方法更好地可视化离群值（Outliers）3. 删除离群值3.1 方法一（更简单的方法）3.2 方法二（更易懂的方法）4. 小结5. 参考资料1.离群值的基础知识1.1 为什么需要关注离群值outlier... 阅 读 全 部 >
2022
10-07

如何一键绘制具有显著性检验信息的箱线图/小提琴图？

一般来说，数据分析分为统计检验和可视化两个部分。今天给大家分享一个R包，可将这两个部分合二为一，不仅能够画出美观精致的图表，还能够同时展现统计分析的详细结果，简直“一石二鸟”、“一举两得”！这个包为ggstatsplot，非常适合做统计分析的科研工作者们，赶紧用起来！#所需R包的安装和载入remotes::install_github( "IndrajeetPatil/ggstatsplot"..... 阅 读 全 部 >
2022
10-06

ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集、任意物种

为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路，然而，在实际数据处理中，这种使用p值和fold change进行一刀切获得差异基因，然后进行富集分析的分析方法，往往富集不到我们感兴趣的结果。这时，可以试试基因集富集分析（Gene set ...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
10-05

在GSEA中标注候选基因原来如此简单！

之前使用clusterProfiler包进行GSEA富集，得到的标准的GSEA富集结果图中只展示基因集的ES排序，但在图中不能标注基因，一直令我比较头秃。但最近看到一个R包GseaVis，刚好可以和clusterProfiler互补，使之能轻松在GSEA标准图上标注候选基因，同时也支持点阵图样式，非常简单！今天就来用用看！#部分所需R包安装与载入：devtools::install_github(... 阅 读 全 部 >
2022
10-05

ggstatsplot：R统计绘图的颜值天花板

背景介绍写论文画图的时候小提琴图，热图，箱线图，画来画去都长得差不多，是不是觉得很烦恼？今天小编为大家介绍一个可以让科研论文统计绘图颜值提升好几个level的R包：ggstatsplot。ggstatsplot是ggplot2的扩展，用于绘制带有统计检验信息的图形。ggstatsplot采用典型的探索性数据分析工作流，将数据可视化和统计建模作为两个不同的阶段；可视化为建模提供依据...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2022
10-05

VennDetail--可视化和提取多数据集交集细节

导语GUIDE ╲韦恩图用于展示在不同集合之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”。背景介绍可视化和提取多个基因数据集的独特（不相交）或共有子集是生物信息学经常做的工作。尽管有许多包和Web应用程序可以绘制韦恩图，但没有R包提供提取这些子集的细节并将其与数据框中的用户数据集结合起来的功能。 今天小编给大家介绍的是 VennDetail...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-05

ggplot2学习笔记系列之主题（theme）设置

作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂上次提了下theme(),本文将专门讲解一下。凡是与数据无关的图形设置可以归为主题类，ggplot2中主题设置十分多，根本不可能讲解完，只能稍微讲点皮毛，灵活运用才是关键，本文只是总体上略作介绍。正如R语言大神Hadley Wickham..... 阅 读 全 部 >
2022
10-03

科研绘图-配色指南

好的图形展示方式能够简明扼要地表达数据，而好的配色一方面能够突出数据的重点，另一方面能够使所有的数据和谐共存。好的配色是图的二次进化，能够赋予图片“生命”。1，日常生活中使用的颜色日常生活中，我们经常提到各种颜色，例如赤橙黄绿青蓝紫，中国红，香蕉黄等，一般用来定性描述物体的颜色属性，不够精确，例如，红色，是红绿灯的红色，还是苹果的红色？所以一般不在科技论文中使用。2，RGB配色方案最常用的颜色方案... 阅 读 全 部 >
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