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Bioconductor：助力你的生物信息学研究
基因序列到进化树：轻松掌握多物种DNA序列比对与进化分析
对于生物学领域的研究生来说，很多时候我们研究一个通路，或者想要知道两个基因或者多基因间的相互作用以及蛋白质之间的相互作用，该从哪下手呢？下面我想详细的介绍一个基因间相互作用的预测网站—GeneMANIA，网址： http://genemania.org。首先看 Help 里对 GeneMANIA 的简介：GeneMANIA searches many large, public...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
简洁、明了、好用之前我们介绍了快速寻找RNA与RNA、蛋白质、DNA和化合物相互作用的好用网站，今天我们一起来看一下另外一个好用的数据库。该数据库用于生成有关基因功能的假设、分析基因列表和为功能分析确定基因的优先级。给定一个查询基因列表，GeneMANIA使用大量的基因组学和蛋白质组学数据发现功能相似的基因。在这种模式下，它根据查询的预测值对每个功能基因组数据集进行加权。GeneMANIA的另一个... 阅 读 全 部 >
Cellranger 软件是 10X genomics 官方提供的配套分析软件，可以直接输入Illumina 原始数据（raw base call ，BCL)输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类（Graph-based& K-Means）以及可视化（t-SNE）结果，结合配套的Loupe Cell Browser给予研究者更多探索单细胞数据的机会。cellrange...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
众所周知，单细胞测序已然是发表高分文章的利器，几乎每天都有不止一篇单细胞文章发表。目前，单细胞技术已经广泛应用于肿瘤，免疫，发育生物学，神经科学，细胞治疗，药物研发及动植物研究中。看着别人的单细胞文章发发发不停，不知您是否也心痒痒？其实要想开展单细胞研究并不难，今天小编就先带您了解一下最常见的单细胞转录组测序的基本流程，希望您也能尽快的开展起单细胞实验哦！送样要求迄今为止，研究的样...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
10x genomic 平台可以一次捕获 1000~10000 个细胞，对于 v3 试剂，要求每个细胞至少测 20k reads，按照测序模式 PE150 进行计算，当捕获 5000 个细胞时，最少需要的数据量为 =5000×20000（reads）×300（bp）=30×109，即捕获 5000 个细胞时，至少要测 30G 的数据量。随着捕获细胞数的增加，测序量也是成倍增加，如何...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
随着单细胞转录技术以及分析方法的成熟，人们基于已经成熟的命令行或编程工具陆陆续续来发出了在线分析平台和界面工具（Windows版）。今天，为大家介绍几款单细胞转录组界面在线工具，以飨读者。也许您在入门单细胞的时候有思考过这个问题:我应该选择哪种技术来做呢？数据分析平台如何选择呢？是学习编程还是用在线的工具呢？单细胞转录组数据分析大套路分析点与工具实现单细胞数据分析工具列表：https://w...... 阅 读 全 部 >
在单细胞研究中，最重要的一个环节就是细胞类型注释，这是一个极其考验研究者研究背景和精力的工作，但随着单细胞的研究越来越多，可提供给我们的细胞类型的marker信息也越来越丰富，基于这些marker信息开发的细胞注释算法使得我们的细胞注释工作越来越省力，今天就跟随小编的脚步来盘点一下最常用的细胞类型注释工具吧！SingleR：最早是来自一篇肺部巨噬细胞研究的单细胞论文，这篇文章作者用...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
还记得我们前两天培训中的Loupe可视化软件的内容吗？今天我们就趁热打铁一起来重温一下。文章很长，建议收藏，反复查看！10x Genomics拥有从实验到数据分析一套完整的单细胞解决方案，single cell analysis pipelines（Cell Ranger）和可视化的互动分析软件（Loupe Cell Browser）是解决方案中的亮点，10x转录组数据必经...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
超越转录组：单细胞表观基因组学的价值？长期以来，研究人员一直在基于转录组数据来探索有关复杂细胞群体和过程的生物学见解。样本本身的异质性以及基因表达的细胞间差异促使科学家从批量（bulk）细胞的平均值测定转向单细胞RNA测序，以便更准确地描述复杂的生物系统。然而，单单凭借转录组的信息，也许无法讲述细胞的完整故事，科学家通常还想了解造成这些基因表达差异背后的原因 – 也就是说，从机理上解释通...阅读... 阅 读 全 部 >
一．软件介绍10X genomics 公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的 cell Ranger 软件，同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser，该软件是一个图形界面的软件，操作非常的方便，支持 windows 和 mac 两种操作系统，下载地址如下：https://support.10xgenomics.com/single-cell-g...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >