48个实用的生信在线工具
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48个实用的生信在线工具
2022-5-22 萌小白


在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前,在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具,广受欢迎,这里再补充16个。



基因结构绘制



1.Exon-Intron Graphic Maker



工具链接:



http://www.wormweb.org/exonintron






RNA二级结构



2.Mfold



工具链接:



http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold






3.RNAfold



工具链接:



http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi






蛋白互作网络



4.String



工具链接:



https://string-db.org/






基因共表达网络



5.Coexpedia:



工具链接:



http://www.coexpedia.org/






序列Motif



6.MEME



工具链接:



http://meme-suite.org/






7.Weblogo



工具链接:



http://weblogo.threeplusone.com/






基因信息查找



8.Genecard



工具链接:



http://www.genecards.org






序列展示



9.ESPript:



工具链接:



http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi









Gene ID转化



10.BioMart



工具链接:



http://www.ensembl.org/index.html






11.g:profiler



工具链接:



https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert






12.UniPort Retrieve/ID mapping



工具链接:



https://www.uniprot.org/uploadlists/






13.bioDBnet



工具链接:



https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/






韦恩图



14.Venny2.0



工具链接:



http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html






15.OmicShare 韦恩图工具



工具链接:



http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn






三元图



16.Ternary plot maker



工具链接:



https://www.ternaryplot.com/






基因结构分析



17.FGENES



工具链接:



http://softberry.com/






范例结果:






系统发育分析



18.iTOL



工具链接:



https://itol.embl.de/






19.Evolview



工具链接:



http://www.evolgenius.info/evolview/






启动子预测



20.Promoter Scan



工具链接:



http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/






蛋白一级结构预测



21.PredictProte



工具链接:



https://www.predictprotein.org/home






22.ProtParam tool



工具链接:



http://web.expasy.org/protparam/






信号肽预测



23.SignalP



工具链接:



http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/









跨膜结构域



24.TMHMM Server v. 2.0



工具链接:



http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/









亚细胞定位



25.PSORT



工具链接:



https://www.psort.org/






蛋白三级结构预测



26.SWISS-MODEL



工具链接:



https://swissmodel.expasy.org/






27.Phyre2



工具链接:



http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index






短序列拼接



28.Cap3



工具链接:



http://doua.prabi.fr/software/cap3






GO富集分析



29.OmicShare GO富集分析工具



工具链接:



http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html






KEGG富集分析



30.OmicShare KEGG富集分析工具



工具链接:



http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html






趋势分析



31.OmicShare 趋势分析工具



工具链接:



http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend






蛋白结构域预测



32.Pfam



工具链接:



http://pfam.xfam.org/search






33.SMART



工具链接:



http://smart.embl-heidelberg.de/






基因组杂合性评估



34.GenomeScope



工具链接:



http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2






圈图



35.CIRCOS



工具链接:



http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/






36.热图



Omicshare 热图工具



工具链接:



http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap






注释工具



37.Omicshare 注释工具



工具链接:



https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation






细胞标记



38.CellMarker



工具链接:



http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp



circRNA数据库






circRNA



39. circBase



工具链接:



http://www.circbase.org/






40. CIRCpedia



工具链接:



http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/






small RNA



41. deepBase



工具链接:



http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/






42. sRNAanno



工具链接:



www.plantsRNAs.org






lncRNA



43. TANRIC



工具链接:



http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview






44. NONCODE



工具链接:



http://www.noncode.org/






ceRNA



45. starBase



工具链接:



http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/






46. miRSponge



工具链接:



http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/






序列翻译



47. ExPASy Translate tool



工具链接:



https://web.expasy.org/translate/






48. ORFfinder



工具链接:



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/






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