没有服务器想快速查看高通量比对数据?Tablet可以帮你
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没有服务器想快速查看高通量比对数据?Tablet可以帮你
2022-5-5 萌小白


高通量序列比对文件一般可以使用服务器查看,但是如果没有服务器,我们该如何查看呢?这时,就该Tablet软件出场了


操作步骤


我们首先下载安装好Tablet软件首先,我们准备好高通量序列比对的结果文件,可以是以下格式。BAMSAMACEAFGMAQSOAPAligner



这里,我们以BAM文件为例,首先,点击open



这里,我们准备好BAM文件和基因组注释GTF文件 打开后,可以看到CONTIG界面,我们可以选择需要的CONTIG或染色体进行查看



点击以后,出现序列比对的缩略图,我们可以直接选择区域进行查看 点击之后,出现具体的序列比对情况,我们可以查看reads比对到基因组相应位置上的具体情况 我们可以选择导入更多的基因组特征或者酶切位点进行查看






另外,我们可以选择是否用pair end的形式查看



也可以点击tag variants,对变异区域进行上色,方便选择高变区域进行查看



可以选择上色方式,如对序列方向,编译位点进行上色 也可以自定义规则进行上色






在上方窗口可以选择指定位置及特征进行查看






可以设定滑动窗口大小 查看测序覆盖度 此外,可以导出高清的图像以及测序覆盖度的总结


好了,以上就是使用Tablet快速查看高通量比对数据的操作,希望对你有所帮助。
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