一、STAMP软件介绍

可以说STAMP软件[1][2]是专为微生物研究量身定制，可以在微生物的物种丰度以及功能丰度信息基础上进行统计分析，以及图形化处理，官方网址为：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP

STAMP软件目前已经经历了version1到version2的更新，引用量高达260。

STAMP软件是基于python编写的，除了windows版本外也有Linux以及OS X版本。

二、STAMP软件使用方法

1. 您需要一台windows电脑；

2. 下载STAMP软件包： windows版本的点击下载红框中版本就好哦；

三、分析步骤详解

Step1: 准备两个文件otu.biom文件以及Sample_info.txt文件

otu.biom文件为QIIME软件分析过程中生成的OTU table文件， 即OTU丰度以及注释的矩阵文件。常见的OTU丰度矩阵长这样：

在PICRUSt文章中也有提到过，BIOM为上述文件的一种衍生格式，文件格式较为小众，一般人类看不太懂，在此不做详细介绍。但是咱们得知道这个文件是什么，以及分析怎么用。只要老师您是在我们欧易做微生物项目，我们都会提供BIOM文件的哟。

Sample_info文件长这样（理论上各个样本的Barcode应该不同，此处仅作案例展示）：

该文件中最为重要的两列为“#SampleID”以及”Group”，分别为样本信息以及分组信息。

Step2: 将项目BIOM文件转化为STAMP软件可识别的格式

点击File – Create STAMP profile from – BIOM profile

BIOMfile部分就可以导入Load我们的 otu.biom文件； Metadata field部分选择<observation ids>

最后点击 Create STAMP profile选项储存即可。

Step3: 导入OTU文件以及Sample_info.txt文件

点击File – Load data选项

分别导入STAMP转化后的spf文件以及Sample_info.txt文件

Step4: 各项分析大览

导出完成后，我们就来看看可以得到哪些结果吧。大体结果见下图。笔者用4个框框圈（知识点哟各位：动词、名词、动名词活用，请记好笔记！！！）出了较为重要的地方。

红色（左上角）： 差异统计算法选择部分。包括Multiple Groups即大于2个组的统计方法（包括ANOVA算法以及Kruskal Wallis算法）； 以及Two Groups即2个组间比较统计方法(包括Welch's t-test、equal variance t-test以及White's non-parameter t-test); 以及Two Samples间的比较（包括多种差异统计）如下：

玫红色（绿色上方）： 可选的图形化展示。包括物种组间比较Barplot分析、物种组间比较Boxplot分析、Heatmap分析（OTU数目小于1000）、PCA分析（3个维度）、组间比较散点图分析、以及差异统计的柱状图和Error bar分析等。

绿色（左下角）： 为Sample_info部分，如果需要去除重复性不好的样本，则可以选择Filter进行去除。

蓝色（右上角）： 为Sample_info.txt中的样本分组的依据信息，例如样本的年龄Age、性别Sex等信息， 即可以根据不同的分组依据来进行分析。

四、可做的的分析内容有（选择Configureplot选项可修改图形形状）：

[1]. Multiple groups的多项分析

上图分别为物种组间箱线图、物种组间柱状图、以及PCA图展示。

[2]. Two groups两两组间比较的分析

上图分别为物种组间柱状图、物种组间箱线图、以及样本间散点图。

[3].Two samples两个样本间比较分析

上图分别为OTU丰度柱状图、以及2样本间散点图。

好了，基本上软件的详细介绍已经结束。软件功能其实还是很强大的，几乎涵盖了很大部分微生物项目的分析需求，并且交互式界面也很友好。