ircRNA、lncRNA、miRNA等调控性ncRNA可通过与protein、RNA或DNA分子互作，发挥其多样化的调控功能。如何搞定调控性ncRNA研究方案？----四步足以。

第一步确定ncRNA研究目标

一般可通过以下三种方法，确定研究目标：（1）通过查阅文献，寻找线索，嫁接研究对象，照猫画虎；（2）通过生物信息学，分析挖掘GEO、TCGA等数据库相关数据，发现潜在研究目标；（3）通过RNA测序、基因芯片等高通量筛查，获得大量一手原创数据，从中自由选择研究目标。

第二步快速论证ncRNA调控功能

一般在细胞水平，通过gain/loss of function干预第一步确定的ncRNA，使用Western Blot等方法检测所关注生物学过程（如自噬、凋亡、增殖、迁移等）的相关marker，论证ncRNA的调控功能。

第三步揭示ncRNA调控作用的分子机制

首先，确定ncRNA的亚细胞定位。然后，通过targetscan、catrapid、RNAhybrid、lncbase等生物信息学分析工具，预测与ncRNA互作的RNA、protein或DNA；或者，通过gain/loss of function干预ncRNA，再进行RNA测序、基因芯片或蛋白质质谱，筛查ncRNA调控的靶分子。继而，采用RNA pull down、RIP、ChIP、ChIRP、EMSA、Reporter gene assay等技术，论证ncRNA-protein、ncRNA-RNA或ncRNA-DNA互作关系。

第四步动物水平或临床水平验证

示例图 高通量数据处理与VENN分析图

示例图 ceRNA网络图

示例图 非编码RNA调控网络及功能富集分析（pathway)

示例图 共表达分析散点图