快速入门群体结构分析，Structure教程来了！
2023-4-21 萌小白
tructure是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件。structure可通过贝叶斯聚类方法对每个样本的来源进行判断，进而反应群体的遗传结构。真正跑时burnin设为100000，跑100000代，k设为1-20，每轮运行10次。
操作步骤
序列文件用xmfa2struct转为structure可识别的格式，SSR用Genalex转为structure可识别的格式。
操作步骤
打开structure
选择新建任务
输入任务名，保存路径与输入文件
输入个体数，倍性，位点数，missing data的比重（一般都是-9）
输入除了数据外多余的行的内容
输入除了数据外多余的列代表的内容，点击finish
确认信息，点击proceed
点击parameter set下的New 
输入burnin多少代和burnin后再跑多少代，可以是5000与50000，其他模型之类的按照默认，点击OK 
输入配置名，点确定
点击start a job 
设定k为1到10，number of iterations为20次 
点击开始跑，等待跑完 
找到结果的目录，找到results文件夹，压缩为zip文件 
进入网站 http://taylor0.biology.ucla.edu/structureHarvester/# 选则results.zip，点击上传 
等待跑完 
查看最近的K值是多少 
返回structure，点击具有最近k值的结果文件 
点击bar plot下的show 
结果出来了，图像可以以多种形式显示，并可保存。 
可以标上居群ID 
还可以根据Q值来划分 
还可以分成多层来显示 
此外，还有FST的图 
直方图
三角图 
树图等 
另外，也可用结果中的文件利用distruct软件进行美化处理 
好了，以上就是Structure教程。如果文章对你有所帮助，请转发给你身边需要的人噢！
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