lncRNA建库与分析流程
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lncRNA建库与分析流程
2022-11-20 萌小白


1. 建库测序流程





1.1. Total RNA 样品制备和检测



(1)使用 NanoDrop 2000 分光光度计对 RNA 样品进行初步定量;



(2)使用 Aglient 2100 对 RNA 样品浓度精确定量。 RNA 总量、浓度、完整性 (RIN 值,RNA Integrity Number)、纯度(OD260/OD280 比 值)符合收样立项标准后,进入下一步的文库构建。



1.2. 文库构建和上机测序



1.2.1. 链特异性文库



文库构建:
首先用试剂盒去除 rRNA, 将 RNA 打断成短片段。以 RNA 为模板,用 六碱基随机引物合成 first strand cDNA,
然后加入缓冲液、dNTPs(dUTP、dATP、dGTP 和 dCTP)和酶合成 second strand cDNA, 然后纯化双链
cDNA。纯化的双链 cDNA 先进行末 端修复并连接测序接头,然后进行片段大小选择。之后降解含有 U 碱基 的 cDNA 第二链, 最后进行
PCR 富集, 纯化 PCR 产物,得到最终的链特异性文库。












图 2







图 1.2.1 链特异性文库构建 Workflow












1.2.2. 上机测序



文库构建完成后,先使用
Qubit 2.0 进行初步定量,随后使用 Agilent 2100 对文库的 insert size 进行检测,insert size
符合预期后,使用 qPCR 方法对文库的有效浓度(>2 nM)进行 准确定量,以保证文库质量。库检合格后,进行 PE125 或 PE150
测序。



2. 分析流程








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