马上2019就过完了，实验还没眉目？标书还没开始？我想起了那句名言：Deadline是第一生产力。

今天师兄又给大家送温暖，送干货，讲解一个Cell大牛总结的lncRNA研究套路。

据说看懂这张图，lncRNA研究易如反掌，咳咳咳师兄似乎看懂了

 

看是看得懂，就是没钱啊

这张图是不是很厉害的样子，咳咳咳，师兄装作自己看得懂的样子给大家继续讲解

（1）人家一篇review都能发Cell

能在CNS上面发肯定是大牛中的大牛，大牛的综述才有人看嘛，不过大牛一般都不好看，肯定是这样。

Cell review：Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs

作者：Joshua T. Mendell

好像也挺帅的。。。

 

怎么说呢，一年一篇CNS吧

 

（2）这篇Cell到底说了lncRNA啥？

这篇文章主要总结了lncRNA在核内调控基因表达的作用机制：cis调控和trans调控。

这里cell大神给咱们理清了lncRNA的研究思路

1.测序知道lncRNA的染色质位点

2.lncRNA的二级结构确定

3.lncRNA上的蛋白结合位点的确定

4.lncRNA的过表达、敲减→临近基因转录是否改变？

5.如果lncRNA临近基因转录改变→PolyA信号序列插入→如果基因表达有差异，可以考虑是因为lncRNA的转录或者剪接体导致的；如果基因表达没差异改变，则可以考虑lncRNA上面有DNA调控元件

6.如果lncRNA临近的基因转录没改变→FISH细胞内定位→根据lncRNA的定位以及二级结构、序列和蛋白结合序列预测靶标RNA、DNA、蛋白→利用RNA、DNA、蛋白研究工具证明两者结合

 

（3）lncRNA的cis调控和trans调控

首先我们需要先确定lncRNA的胞内位置，胞核？胞质？通常会使用FISH探针的方式，从而去判断参与的分子机制，对症下药。

等等什么是CIS？什么是Trans？

简单地讲，cis调控就是指非编码RNA对临近mRNA的一种转录激活与表达调控方式，而trans相反，则是对远端mRNA转录的调控。

 

1.顺式cis调控方式

CIS调控主要分为以下几个情景

①lncRNA以序列互补为原理结合在未解链的染色质大沟中，或者和解链的DNA链结合

②lncRNA位点附近的基因转录会受到该lncRNA对正在转录或者剪接体的影响

 

③某个基因的转录起始元件出现在临近的lncRNA转录位点中

2.反式trans调控方式

这里说的是，lncRNA远走他乡，去异地求学打工，然后在当地娶媳妇儿安家的过程

①lncRNA可以调控远距离的基因的表达，例如结合增强子和启动子等

②lncRNA可以起到支架作用，组织蛋白复合物行使功能，充当亚细胞结构

③LncRNA以剂量依赖形式在胞质或者胞核内，调控结合的蛋白或者RNA的活性，确定细胞内拷贝数非常重要，例如咱们熟悉的ceRNA就属于这一类。

参考文献：

Long Noncoding RNA Discovery in Cardiovascular Disease Decoding Form to Function

The Diversity of Long Noncoding RNAs and Their Generation

The multidimensional mechanisms of long noncoding RNA function