一、软件下载以及安装

1.进入NCBI官网

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2.点击All Resources

3.Downloads

4.BLAST (Stand-alone)

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

5.根据电脑系统下载相应的安装包（*.exe）

6.双击安装，默认即可

二、软件运行

1.点击电脑的“开始”，输入“cmd”，回车键，调取DOS命令。

2.切换工作目录到blast的bin下，DOS命令是：cd C:\Program
Files\NCBI\blast-2.7.1+\bin（实际安装目录），回车。（>之前的路径为当前工作目录）这里需要说明一下，切换到bin目录下方便新手操作，熟练之后可以自行创建工作目录。

3.准备好需要比对的两个序列文件（一个是需要比对的序列，一个是物种序列，格式为fasta/fa），放入到上一步的bin目录下。

4.建库

对物种序列进行建库处理，转换成blast软件可用的格式（可以不是物种序列，只要是一条或者一组序列即可）

DOS命令：makeblastdb -in input_file -dbtype nucl/prot -out database_name

Input_file：建库的序列文件名，比如拟南芥蛋白序列

nucl/prot：建库的序列属性，核苷酸库/蛋白质库

database_name：自定义库名字，如果不填写参数，则默认是文件名

其它详细参数可以通过DOS命令makeblastdb -help进行查看

生成的结果文件（可多次使用）：

5.比对

DOS命令：blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx -query text_query.txt -db refseq_rna.00 -out output.txt -evalue 10 -outfmt 0-18

Blastn：核苷酸与核苷酸库比对（核苷酸层面）

Blastx：核苷酸与蛋白质库比对（核苷酸翻译成蛋白质，在蛋白层面进行比对）

Blastp：蛋白质与蛋白质库比对

Tblastn：蛋白质与核苷酸库比对（核苷酸库翻译成蛋白质再进行比对）

Tblastx：核苷酸与核苷酸库比对（蛋白质层面）

text_query.txt：需要比对的序列文件

refseq_rna.00：建库文件

Output.txt：比对结果输出文件

10：比对期望值，软件默认为10，一般大家会设置为1e-5

0-18：输出文件格式，0-18代表不同的文件格式，常用6，7，10

其它详细参数可以通过DOS命令blastn -help进行查看

结果文件：out.txt（bin目录下）

输出的结果文件是没有表头的，这里小编已为各位整理好~

拿走，不谢！

☼

相关测试数据和软件包见链接：

https://pan.baidu.com/s/1bqejWOR

更深入的使用介绍见官网：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/