你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！
你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！
你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧
预计阅读时间4分钟
。。。。。
刚来的小伙伴不要慌了哈，小助理选的一直是同一篇论文
只不过用的是不同方法进行复现
一千种方法练一次
不如一种方法练一千次
进步的第一步就是敲下文章里面的代码
。。。。
以下就是复现过程，跟着文章走，他山之石可以攻玉，没准儿一不小心你就会了呢?
论文：
文章目录
1.STRING数据库
2.PPI网络构建
2.1 输入差异基因list
2.2 PPI图
2.3 保存结果
3.cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
3.1 输入“string_interactions”文件
3.2 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
3.3 生存分析
3.4 用MCODE插件，筛选功能模块
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1.STRING数据库简介
string(search tool for the retrival of interacting genes/proteins)
基因、蛋白质相互作用关系检索工具
网址：string-db.org
简单来说：
String数据库通过文献内容管理，
来提取实验数据得出的蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)。
它能够帮助用户轻松获取独特的，覆盖范围广的实验以及预测的相互作用关系信息。
string提供的相互作用关系主要基于confidence score（可靠指数），以及其他附属信息，比如提供蛋白质域和3D结构 。
string目前的9.1版本，包括1100+个物种的5200+万蛋白质
联合开发的机构包括：CPR,EMBL,SIB,KU,TUD,UZH
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大背景：我们为什么要寻找蛋白质互作关系？
因为只有正确地发现和注释细胞中的所有功能性的相互作用关系，才能对细胞的功能进行系统层面的学习和理解。大家在收集和展现蛋白质相互作用的信息上，一直在努力地跟上相互作用关系探索的步伐。
近年来，无论是在实验观测和计算机预测技术都得到了显著的进步。但是蛋白质相互作用的信息比较容易出错，而且相当大的工作量来进行注释。
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String优势
1.string数据库完全是预先计算好的，无论是在高层次的网络中，还是单个相互作业关系记录的界面，所有的信息都可以被迅速获取。
2.它还支持单独选择各种证据类型，这样能够在运行的时候进行定制的搜索，同时也会有专门的查看器来对所有的关联证据进行查看。
3.该数据库是一项探索性的资源：它比基本的相互作用关系数据库包含了更大的关联数据--尽管是有不同的可能值。
4.因此，它最好被用于快速、初步地获取要查询的蛋白质的功能合作伙伴，尤其是对那种还没能很好的表征的蛋白质。
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2.PPI网络构建
2.1 输入差异基因list
进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”
继续
2.2 PPI图
2.3 保存结果
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3. cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件
3.1 输入“string_interactions”文件
3.2 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序
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