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本期小编将分享关于小基因组数据NCBI上传流程，那小基因组包含哪些基因组呢？小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒可以则可以进一步研究致病性、...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
高通量测序时代，大量的原始测序数据都流向了NCBI的SRA数据库。尽心尽责的将文章有关的测序数据上传至公共平台发布，一方面，是对生物领域科学研究的奉献，方便数据再利用，进行新探索；另一方面，可进行数据分析重现、验证等，为课题研究的真实性提供依据。 但是，很多操作过数据上传的小伙伴们都发现，认真做好这件事可真不容易，成功拿到传说中的SRA accession number（序列检索号码）仿佛经历..... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
引很多老师在写文章的时候，精力通常会放在文章中的技术或者实验细节，而疏忽原始数据上传的工作。文章准备接收时，审稿人需要老师提供文章中使用数据的登录号，一般时间要求较紧，对于没接触过数据上传的老师来说，可能会成为文章接收最后的绊脚石，为此我们撰写了一份高通量测序数据上传指南，可以让老师快速掌握数据上传的技能，助力老师文章发表。目前高通量测序原始数据通常上传到NCBI的SRA(The ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
最近很多老师的单细胞文章都纷纷开始投稿，却被文章发表前的临门一脚——GEO数据上传难住了，今天我们就来一起学习下单细胞数据上传GEO的具体操作步骤吧~跟着这份操作指南，上传从此不再犯难！· GEO数据库简介 ·GEO数据库全称Gene Expression Omnibus，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要用来储存二代测序、芯片以及其...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
上期我们安装好了R语言及RTools，本期我们接着安装Rstudio。在安装Rstudio之前建议已经安装好了R语言，可参考上期内容：详细教程 | 手把手教你安装R语言及RTools 1 RStudio 简介RStudio 是一个专为 R 语言设计的集成开发环境(IDE),旨在提供一个高效、直观和功能丰富的工作空间,以帮助统计学家、数据科学家和分析师进行数据分析、编程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1R语言简介R语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R由新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R核心小组负责开发，同时也有其他用户编写了诸多外挂的软件包。R以S语言为基础，其词法作用域语义来自Scheme。R的后台程序大多由C语言、FORTRAN语言和R自己写成。在TIOBE2022年1月对编程语言人气的排名中，R排名第12...阅读... 阅 读 全 部 >
初学者做 PPT 汇报是不是经常被嫌弃，一定会有老师说你文字太多，怎么没有图片，又或者说你图片不清晰，逼格不够高。总之，要在组会或者报告上做出一张让别人心明眼亮的PPT，图很重要。以上问题，除非你能徒手绘制一个不错的图片。画不出来，那就搜索吧。但是貌似百度根本百度不出来那些高质量的图，文献中只有很少一部分会有一些很好看的配图。有时候做PPT会需要这种图片。谷鸽倒...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
编者按：参加国际学术会议几乎是所有研究生的必修课，如何优雅的在国际会议上和大佬搭讪、向他们请教或是介绍自己的研究成果就成了令许多研究生头疼的事情。研读间整理了来自数名清华研究生的参会经验，更有特奖大神的心得感悟，还不快 mark 起来？以后也能在国际会议上谈笑风生啦~A君一边整理衬衫的袖口，一边思忖着怎么搭配甜点和咖啡。学术会议的茶歇期间，他一直呆在一个最不引人注目的...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >